针对您不想签三方协议的问题，这确实是一个需要谨慎处理的情况，尤其是当您已经与单位初步达成协议但尚未最终完成所有手续时。以下是我为您提供的详细解答和建议：
一、理解三方协议的法律性质
三方协议，即毕业生、用人单位和学校三方签订的就业协议书，它具有一定的法律效力，但并非劳动合同。它主要是明确毕业生到用人单位就业时，各方的权利和义务，包括毕业生的报到、用人单位接收毕业生以及学校派遣毕业生等事宜。
二、分析您当前的情况
已签字但未交学校盖章：您已经与单位签字并盖章，但协议尚未交给学校盖章。这意味着从法律上讲，协议尚未完全生效，因为学校作为鉴证方尚未参与。但单位可能已经基于您的签字和盖章开始了一些内部流程。
单位要求违约金：单位人事表示，如果不去就要陪违约金。这通常取决于协议中是否有明确的违约条款，以及该条款是否合法合规。
三、建议的处理方式
与单位协商：
- 首先，您应尽快与单位人事部门进行沟通，说明您因身体原因（如无法接受夜班工作）无法继续履行协议。
- 尝试协商解除协议，并询问是否可以免除违约金。强调您的特殊情况，并表达您的诚意和合作态度。
咨询学校就业管理部门：
- 向学校就业管理部门寻求帮助，了解学校对于此类情况的处理方式和建议。
- 学校作为鉴证方，可能能够提供一些调解或协助沟通的服务。
审查协议条款：
- 仔细审查就业协议中的违约条款，了解违约金的数额和支付条件。
- 如果协议中的违约条款过于苛刻或不合理，您可以考虑咨询法律专业人士，了解您的权利和可能的法律途径。
考虑法律途径：
- 如果与单位协商无果，且您认为单位的违约要求不合理，您可以考虑向劳动仲裁部门申诉。
- 劳动仲裁部门将根据相关法律法规和协议条款进行裁决，保护您的合法权益。
四、注意事项
- 保持沟通：在整个过程中，保持与单位和学校的良好沟通是非常重要的。这有助于解决问题并减少不必要的误解和冲突。
- 保留证据：保留所有与单位和学校的沟通记录、协议文本等证据，以备不时之需。
- 谨慎签字：在未来签订任何协议时，请务必仔细阅读并理解所有条款，确保自己的权益得到充分保护。
五、关于违约金的问题
- 如果协议中明确规定了违约金，并且该条款合法合规，那么您可能需要按照协议支付违约金。但如果您能够证明单位存在过错或违约行为，或者您因不可抗力（如身体原因）无法履行协议，那么您可能有机会免除或减少违约金的支付。
综上所述，不想签三方协议时，您应首先与单位协商，并咨询学校就业管理部门的意见。如果协商无果，您可以考虑法律途径来维护自己的权益。希望这些建议能对您有所帮助。