工程项目不合格多年后投诉是否有效，需视具体情况而定，主要取决于是否超过法律规定的诉讼时效期间以及是否存在诉讼时效中断、中止等情形。以下从不同角度为您详细分析：

一、诉讼时效期间的一般规定

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这意味着，如果工程项目不合格的问题在发现后三年内未提起诉讼或采取其他法律措施，可能会面临超过诉讼时效的风险。然而，这并不意味着超过三年就绝对无法投诉或起诉，因为还存在诉讼时效中断、中止等特殊情况。

二、诉讼时效中断的情形

诉讼时效可能因某些法定事由而中断，从中断、有关程序终结时起，诉讼时效期间重新计算。这些法定事由包括：

1. 权利人向义务人提出履行请求：如果您在发现工程项目不合格后，及时向相关责任方提出了履行请求（如要求修复、赔偿等），并且有证据证明这一请求，那么诉讼时效可能会从中断时起重新计算。
2. 义务人同意履行义务：如果相关责任方明确表示同意履行修复或赔偿等义务，这也可能导致诉讼时效的中断。
3. 权利人提起诉讼或者申请仲裁：如果您已经就工程项目不合格的问题提起了诉讼或申请了仲裁，那么诉讼时效也会从中断时起重新计算。
4. 与提起诉讼或者申请仲裁具有同等效力的其他情形：这包括一些特定的法律程序或行为，如申请支付令、申请破产债权等，也可能导致诉讼时效的中断。

三、诉讼时效中止的情形

在诉讼时效期间的最后六个月内，因特定障碍不能行使请求权的，诉讼时效中止。这些特定障碍包括：

1. 不可抗力：如自然灾害、战争等无法预见、无法避免且无法克服的客观情况。
2. 无民事行为能力人或者限制民事行为能力人没有法定代理人，或者法定代理人死亡、丧失民事行为能力、丧失代理权：这可能导致权利人无法及时行使请求权。
3. 继承开始后未确定继承人或者遗产管理人：在继承过程中，如果未确定继承人或遗产管理人，也可能影响权利人行使请求权。
4. 权利人被义务人或者其他人控制：如权利人被非法拘禁、绑架等，导致无法行使请求权。
5. 其他导致权利人不能行使请求权的障碍：这包括一些其他无法预见、无法避免且无法克服的客观情况。

如果因上述原因导致诉讼时效中止，自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间才届满。

四、实际案例与法律建议

在实际操作中，工程项目不合格多年后投诉是否有效，往往取决于您能否提供充分的证据证明存在诉讼时效中断或中止的情形。因此，我建议您：

1. 及时收集证据：包括与相关责任方的沟通记录、修复或赔偿请求的书面材料、诉讼或仲裁的相关文件等。
2. 咨询专业律师：由于诉讼时效问题涉及复杂的法律判断和证据收集，我建议您直接向我咨询，以便更准确地评估您的案件情况和诉讼风险。
3. 考虑其他法律途径：如果诉讼时效确实已经届满，您还可以考虑通过协商、调解等其他非诉讼途径解决纠纷。

总结来说，工程项目不合格多年后投诉是否有效，需根据具体情况判断诉讼时效是否已届满以及是否存在诉讼时效中断、中止等情形。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。