工厂在员工不知情的情况下扣钱，一般是不合法的。以下从几个方面为你详细分析：

法律依据

根据《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：

1. 用人单位代扣代缴的个人所得税；
2. 用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
3. 法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
4. 法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。

工厂因客诉问题扣钱，并不属于上述可以合法扣钱的情形。除非工厂能够证明员工的过错与客诉之间存在直接因果关系，并且这种扣款行为在劳动合同、集体合同或者规章制度中有明确约定，同时该约定不违反法律、法规的规定，否则工厂无权擅自扣钱。

程序要求

即使工厂认为员工存在过错需要扣款，也应当遵循一定的程序要求：

1. 告知义务：工厂应当事先将扣款的原因、依据和金额告知员工，并听取员工的陈述和申辩。
2. 规章制度合法性：如果工厂依据规章制度进行扣款，那么该规章制度必须经过民主程序制定，并且已经向员工公示或者告知。
3. 扣款限额：根据相关规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

可能的法律后果

如果工厂在员工不知情的情况下擅自扣钱，员工可以采取以下措施维护自己的合法权益：

1. 与工厂协商：员工可以首先与工厂进行协商，要求工厂说明扣款的原因和依据，并要求工厂退还非法扣款。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门对工厂的违法行为进行调查和处理。
3. 申请劳动仲裁：员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求工厂支付被扣的工资以及可能的赔偿金。

实际建议

1. 保留证据：员工应当保留好与工厂的劳动合同、工资条、扣款通知等相关证据，以便在需要时证明自己的权益。
2. 及时咨询：如果员工对工厂的扣款行为有疑问或者不满，应当及时咨询专业律师或者劳动监察部门，了解自己的权益和维权途径。

总之，工厂在员工不知情的情况下扣钱是不合法的。员工应当了解自己的权益和维权途径，并在必要时采取法律措施维护自己的合法权益。如果你还有其他疑问或者需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。