在民间借贷中，若双方约定到期本息一起归还，但借款人逾期还款时，还款顺序的确定主要依据法律规定及双方约定，具体如下：
有约定时，依约定处理：
- 如果借贷双方在借款合同中明确约定了逾期还款时本息的偿还顺序，比如约定“逾期后，先偿还利息，后偿还本金”或“逾期后，本金与利息按比例同时偿还”等，那么应当按照双方的约定来确定还款顺序。这种约定体现了当事人的意思自治，法律一般予以尊重。
无约定或约定不明时，依法律规定处理：
- 在没有约定或约定不明确的情况下，根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释的精神，逾期还款时，一般应按照“先息后本”的原则处理。即借款人应当先支付逾期利息，如果有剩余款项，再用于偿还本金。
- 这一原则的背后逻辑是，利息是借款人使用资金的成本，逾期利息则是对借款人违约行为的惩罚，因此应当优先得到清偿。而本金是出借人的原始资金，在利息得到清偿后，再用于偿还本金，有助于保护出借人的合法权益。
实际操作中的注意事项：
- 在借贷过程中，建议双方在借款合同中明确约定逾期还款时的本息偿还顺序，以避免未来可能出现的纠纷。
- 如果发生纠纷，出借人应当保留好相关证据，如借款合同、转账记录、催款记录等，以便在需要时证明自己的权益。
- 借款人应当按照合同约定或法律规定及时偿还借款本息，避免逾期产生不必要的法律纠纷和经济损失。