纪委认定行政机关有案不立，主要依据的是对行政机关在案件处理过程中的职责履行情况进行审查和判断。以下从多个角度对此问题进行详细分析：

一、纪委的职责与权限

纪委作为党内监督机构，其主要职责是监督党的组织和党员领导干部遵守党章党规党纪的情况，查处违纪违法行为。在行政机关有案不立的问题上，纪委的介入通常是因为该问题可能涉及行政机关工作人员的违纪行为，如滥用职权、玩忽职守等。纪委有权对行政机关的案件处理情况进行调查，并根据调查结果作出相应的处理决定。

二、认定有案不立的标准

1. 案件受理情况：纪委会审查行政机关是否及时受理了符合条件的案件。如果行政机关无正当理由拒绝受理案件，或者对应当受理的案件拖延不办，就可能构成有案不立。
2. 案件调查情况：纪委会关注行政机关在受理案件后是否进行了必要的调查。如果行政机关未进行调查或者调查不深入、不全面，导致案件无法得到妥善处理，也可能被认定为有案不立。
3. 案件处理结果：纪委还会审查行政机关对案件的处理结果。如果行政机关对案件的处理明显不当，如应当立案而不立案、应当处罚而不处罚等，同样可能构成有案不立。

三、认定程序与方式

1. 初步审查：纪委在接到相关举报或线索后，会进行初步审查，判断是否存在有案不立的可能性。
2. 深入调查：如果初步审查认为存在有案不立的情况，纪委会进一步深入调查，收集相关证据和材料。
3. 综合判断：在调查结束后，纪委会根据收集到的证据和材料进行综合判断，确定行政机关是否存在有案不立的行为。
4. 处理决定：如果纪委认定行政机关存在有案不立的行为，会根据具体情况作出相应的处理决定，如责令改正、给予党纪政纪处分等。

四、法律后果与救济途径

1. 法律后果：行政机关被纪委认定有案不立后，可能会面临党纪政纪处分、行政问责等法律后果。同时，该认定也可能对行政机关的声誉和公信力造成负面影响。
2. 救济途径：如果行政机关对纪委的认定有异议，可以通过内部申诉、行政复议或行政诉讼等途径进行救济。但需要注意的是，这些救济途径的具体适用条件和程序可能因地区和具体情况而有所不同。

建议：对于行政机关而言，应严格遵守法律法规和职责要求，及时受理和处理案件，避免出现有案不立的情况。如果确实存在有案不立的问题，应积极配合纪委的调查工作，主动纠正错误并承担相应的法律责任。同时，行政机关也可以加强内部监督和管理机制建设，提高案件处理效率和质量水平。

若你对行政机关有案不立的问题还有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，可以直接向我咨询。