公司因履行调解协议而支付款项时，是否需要缴纳个税需分情况讨论，具体取决于支付对象和款项性质。以下是详细分析：

1. 支付对象为员工时
   若调解协议涉及员工劳动争议（如工资、经济补偿金、赔偿金等），根据《个人所得税法》及实施条例：

   • 工资、薪金所得：需按3%-45%的累进税率代扣代缴个税；
     
   • 经济补偿金：在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分免征个税，超出部分按“工资、薪金所得”计税；
     
   • 赔偿金：若属于法定赔偿（如工伤赔偿、医疗费等），通常免征个税；若属于违约赔偿，可能需按“偶然所得”或“其他所得”计税。
     例外：若调解协议明确款项性质为“不征税收入”（如符合条件的离职补偿），需留存相关证明文件备查。

2. 支付对象为非员工（如供应商、客户等）时

   • 赔偿款：若因公司违约或侵权支付赔偿（如合同违约金、侵权赔偿），根据《企业所得税法》及实施条例，公司可凭调解协议、付款凭证等在企业所得税前扣除，但不涉及个税代扣代缴义务；
     
   • 服务费/货款：若调解协议实质是支付未结清的服务费或货款，需按“经营所得”或“财产转让所得”等税目由收款方自行申报个税，公司无代扣义务；
     
   • 特殊情形：若支付对象为个人且款项性质模糊（如“补偿款”未明确性质），可能被税务机关认定为“其他所得”，需按20%税率代扣代缴个税。

3. 公司作为收款方时
   若调解协议约定公司收取款项（如对方支付违约金、赔偿金），公司需将该收入纳入企业所得税应纳税所得额，按25%税率缴纳企业所得税，但不涉及个税（除非款项后续分配给股东或员工，需按股息红利或工资薪金计税）。

实务建议：

• 签订调解协议时，务必明确款项性质（如“经济补偿金”“违约赔偿”等），并附相关法律依据或证明文件；
  
• 支付款项时，要求收款方提供发票或收据，并注明款项用途；
  
• 若涉及大额支付或复杂税目，建议提前与主管税务机关沟通确认，避免税务风险。
  

如有具体案例或协议条款需要分析，可直接向我咨询，我会结合协议内容进一步解答。