种子包装涂改属于违法行为，需根据涂改主体、涂改内容及造成的后果承担相应法律责任，具体处理方式需分情况讨论：

1. 若涂改主体是种子生产/经营者
   根据《种子法》第四十一条，种子包装应当标注品种名称、生产经营者信息、质量指标等法定内容。擅自涂改包装可能构成“标签内容不真实”，需承担：

   • 行政责任：由农业农村部门责令改正，处2000元以上2万元以下罚款（《种子法》第七十九条）；
     
   • 民事责任：若因涂改导致农民误购造成损失，需赔偿种子款、种植成本及预期收益损失（《民法典》第一千二百零三条）；
     
   • 刑事责任：若涂改目的是销售假劣种子，且造成严重后果（如减产绝收），可能构成“生产、销售伪劣产品罪”或“生产、销售伪劣农药、兽药、化肥、种子罪”（刑法第一百四十七条）。

2. 若涂改主体是购买者（如农民）

   • 一般情况：农民为自用少量涂改包装（如去除生产日期），通常不构成违法，但需保留购买凭证以证明种子来源合法；
     
   • 特殊情况：若涂改后转售他人，可能被认定为“未经许可经营种子”，需按《种子法》第七十七条处罚（没收违法所得，并处2000元以上20万元以下罚款）。

3. 若涂改涉及进口种子
   根据《进出口农作物种子（苗）管理暂行办法》，进口种子包装需经海关检验并符合中文标签规定。擅自涂改可能同时违反《种子法》和《海关法》，需承担：

   • 海关没收违法所得，并处货物价值50%以下罚款；
     
   • 农业农村部门按《种子法》另行处罚。

建议处理步骤：

1. 立即停止使用/销售涂改包装的种子，避免扩大损失；
   
2. 固定证据：保留原包装、购买凭证、种子样本及损失证明（如照片、鉴定报告）；
   
3. 分情况处理：
   
   • 若是经营者，主动向农业农村部门报告并配合调查，可争取从轻处罚；
     
   • 若是购买者，若种子质量无问题，可与经营者协商更换；若因涂改导致损失，可要求赔偿或向市场监管部门投诉；
     
4. 涉及刑事犯罪的（如销售假劣种子），立即向公安机关报案。

提示：种子包装涂改的违法性核心在于“是否影响种子质量追溯”和“是否误导消费者”。若涂改仅涉及非关键信息（如包装颜色），且未造成实际危害，通常以教育整改为主；但若涂改掩盖了种子缺陷或过期事实，则可能面临严厉处罚。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。