在婚姻关系存续期间，关于婚内协议分居时的抚养义务如何确定，这是一个涉及法律与情感双重考量的问题。以下是我为您详细梳理的解答：

一、抚养义务的基本原则

1. 平等原则： 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，夫妻双方在抚养未成年子女上享有平等的权利与义务。这意味着，无论双方是否分居，对子女的抚养责任都是均等的，不存在主次之分。

2. 协商原则： 在分居的情况下，夫妻双方更应根据各自的工作性质、收入水平、时间安排等实际情况，通过友好协商来确定具体的抚养分工。这种协商应基于子女的最佳利益，确保抚养义务的有效履行。

二、抚养义务的具体分配方式

1. 共同抚养（尽管分居）： 即使夫妻双方选择分居，也可以协商确定共同抚养的模式。这包括共同承担子女的生活、教育、医疗等全方位支持。例如，一方可能负责日常照顾，而另一方则负责学业辅导或经济支持。关键在于双方要明确各自的具体职责，并确保这些职责得到有效履行。

2. 灵活调整抚养模式： 根据实际情况，抚养义务分配可能呈现“一方为主，另一方为辅”的模式。或者，由于工作、居住地变化等因素，双方可以采取轮流抚养的方式。无论选择哪种模式，都应确保子女获得稳定的生活环境和教育支持，避免频繁更换抚养环境对子女造成不良影响。

   • 生活照料：涵盖衣食住行等基本生活保障。夫妻双方可以根据实际进行分工，如一方负责饮食，另一方负责衣物购买和居住环境的维护等。
   • 教育培养：关注子女的知识教育和品德培养。双方应共同制定学习计划，参与孩子的学习辅导和兴趣培养活动，确保子女在学业和品德上都能得到全面发展。
   • 情感关怀：给予子女足够的关爱和陪伴是至关重要的。双方均应与孩子保持密切沟通，了解其心理需求，共同提供情感支持。即使分居，也不能忽视对子女的情感关怀。

3. 抚养费用的承担：

   • 共同负担：夫妻双方有共同承担子女抚养费的责任，包括生活费、教育费、医疗费等。具体负担比例和方式可以通过协商确定，考虑双方收入差距等因素，由收入较高的一方适当多承担一些费用。
   • 费用来源：抚养费用一般来源于夫妻共同财产或各自的个人收入，如工资、奖金、生产经营收益等。在分居期间，双方应明确费用的来源和支付方式，确保抚养费用得到及时、足额的支付。

三、争议解决与子女最佳利益保障

在抚养过程中，如果夫妻双方产生争议，应优先考虑子女的最佳利益。通过友好协商或寻求专业的法律咨询、调解服务来解决问题，避免对子女造成不良影响。如果争议无法通过协商解决，可以考虑通过法律途径来维护子女的合法权益。

综上所述，婚内协议分居时的抚养义务确定应遵循平等和协商的原则，根据双方实际情况和子女需求灵活调整抚养模式，并始终以确保子女的最佳利益为出发点。通过明确各自职责、共同承担抚养费用、提供稳定的情感关怀等方式，为子女的成长和发展创造良好的环境。