结论：能否申请退款需分情况讨论，主要取决于合同条款约定、服务性质及是否存在显失公平的情形，以下为具体分析：

1. 若合同明确约定“逾期三天扣一个月费用”且无例外情形
   若双方签订的合同中已明确写明“逾期三天即扣除一个月费用”，且该条款未违反法律强制性规定（如未构成“格式条款无效”情形），则从合同自治原则出发，商家有权依据合同扣除费用。此时申请退款可能缺乏法律依据，但可尝试与商家协商部分退还。
   法律依据：根据《民法典》第496条，格式条款提供方需履行提示说明义务，若未提示导致对方未注意，对方可主张该条款不成为合同内容；但若已提示且对方同意，条款有效。

2. 若合同未明确约定或条款显失公平
   若合同未约定逾期扣费规则，或约定“逾期三天扣一个月”明显超出合理范围（如服务成本仅需扣除三天费用，却扣除整月费用），可能构成“显失公平”或“惩罚性过当”。此时可主张调整或撤销该条款，要求退还多扣部分。
   法律依据：根据《民法典》第151条，一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方有权请求法院或仲裁机构撤销；第585条第2款规定，约定的违约金过分高于造成的损失的，法院或仲裁机构可予以减少。

3. 若服务性质特殊（如预付式消费）
   若涉及预付卡、会员费等预付式消费，商家可能以“逾期视为自动放弃服务”为由扣费。但根据《消费者权益保护法》第53条，经营者以预收款方式提供商品或服务，未按约定提供的，应退回预付款。若逾期三天未影响服务提供（如未实际使用服务），可主张全额退款。
   操作建议：收集证据（如合同、付款记录、沟通记录），先与商家协商；协商不成可向消费者协会投诉或提起诉讼。

总结建议：

• 优先查看合同条款，确认扣费规则是否明确且合法；
  
• 若条款不合理，可主张调整或撤销，要求退还多扣部分；
  
• 保留证据，通过协商、投诉或诉讼途径维权。
  

如有具体合同或服务场景，可进一步提供细节，我会为您分析条款效力及维权策略。