结论：注册子公司的法人（即法定代表人）可以跟总公司是同一个自然人，但子公司和总公司在法律上是两个独立的法人实体。

详细分析：

1. 法人与法定代表人的区别：

   • 法人是指具有民事权利能力和民事行为能力，依法独立享有民事权利和承担民事义务的组织。在公司语境中，法人即公司本身。
   • 法定代表人则是代表法人行使职权的负责人，是法人的一个具体代表。

2. 子公司与总公司的法律关系：

   • 总公司和子公司都是独立的法人实体，各自拥有独立的财产权，能够独立从事民事活动，并独立承担由此产生的民事责任。
   • 子公司虽然受总公司的控制，但在法律上，子公司和总公司是相互独立的企业法人。

3. 同一自然人担任子公司和总公司法定代表人的情况：

   • 在法律上，并没有禁止同一个自然人同时担任子公司和总公司的法定代表人。
   • 这种安排在商业实践中较为常见，有助于简化管理流程、降低运营成本，并提高决策效率。
   • 当同一个人担任母公司和全资子公司的法定代表人时，他或她能够更便捷地在两者之间传递信息、协调资源，从而优化整体运营效果。

4. 需要注意的法律风险：

   • 尽管同一个自然人可以担任子公司和总公司的法定代表人，但这并不意味着两者在法律上可以视为同一个实体。它们各自享有不同的权利和义务，也需要分别履行相应的法律义务和责任。
   • 在具体操作中，还需考虑到不同国家或地区的法律规定以及公司章程的具体条款。例如，某些特定行业或领域可能对法定代表人的资格有特殊要求。

建议：

• 在决定由同一个自然人担任子公司和总公司的法定代表人时，应仔细审查相关法律法规和公司章程的规定，确保合规性。
• 考虑到可能存在的法律风险和责任划分问题，建议在实际操作中咨询专业律师（即我本人，李再庆律师，专注于建设工程、公司事务领域）的意见，以确保所有操作都符合相关法律法规的要求。

总结：注册子公司的法人（法定代表人）可以跟总公司是同一个自然人，但子公司和总公司在法律上是两个独立的法人实体。在做出相关决策时，应充分考虑法律合规性和潜在的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。