在处理虚假材料登记案件时，《市场主体登记管理条例》与《公司法》均可能适用，但具体适用哪部法律需根据案件的具体情况和违法行为的性质来判断。以下是对这两部法律在虚假材料登记案件中适用性的详细分析：
一、《市场主体登记管理条例》的适用性
规范市场主体登记行为：
- 《市场主体登记管理条例》是专门规范市场主体登记行为的行政法规，它详细规定了市场主体登记的条件、程序、监督管理以及法律责任等内容。
- 在虚假材料登记案件中，如果违法行为主要涉及市场主体登记过程中的材料真实性、完整性等问题，那么该条例将是主要的法律依据。
法律责任明确：
- 该条例对提交虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实取得市场主体登记的行为，规定了明确的法律责任，包括撤销登记、罚款等行政处罚措施。
二、《公司法》的适用性
规范公司设立与登记：
- 《公司法》是规范公司设立、组织、活动、解散以及其他对内对外关系的法律规范的总称。它虽然不直接针对市场主体登记行为，但对公司设立过程中的登记事项、股东责任等有明确规定。
- 在虚假材料登记案件中，如果违法行为涉及公司设立过程中的股东出资、股权结构等核心问题，且这些问题与登记材料直接相关，那么《公司法》的相关规定也将被适用。
股东责任与法律后果：
- 根据《公司法》的规定，股东在公司设立过程中如果存在虚假出资、抽逃出资等行为，需要承担相应的法律责任。这些责任可能包括补足出资、赔偿损失等民事责任，以及可能的行政处罚。
三、两部法律的协调适用
优先适用特别法：
- 在处理虚假材料登记案件时，如果《市场主体登记管理条例》对某一具体违法行为有特别规定，且该规定与《公司法》不冲突，那么应优先适用《市场主体登记管理条例》。
补充适用一般法：
- 如果《市场主体登记管理条例》没有相关规定，或者相关规定与《公司法》不冲突但不足以完全解决案件问题，那么可以补充适用《公司法》的相关规定。
综合考虑案件事实：
- 在具体案件中，还需要综合考虑违法行为的性质、情节、后果以及当事人的主观过错等因素，以确定最终适用的法律和法律责任。
建议：在处理虚假材料登记案件时，建议根据案件的具体情况和违法行为的性质，仔细研究《市场主体登记管理条例》和《公司法》的相关规定，以确定最合适的法律依据和法律责任。如果案件复杂或存在争议，建议及时咨询专业律师以获取更准确的法律意见。
最后，如果你在处理此类案件时遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。