在起诉离婚的过程中，关于能否申请调查妻子与别人的聊天记录这一问题，这确实是一个涉及隐私权保护与法律程序权衡的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、聊天记录的隐私权保护
首先，需要明确的是，聊天记录属于个人隐私范畴，受法律保护。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，自然人享有隐私权，任何组织或个人不得侵犯。因此，在正常情况下，直接查询或调取他人的聊天记录是不被允许的，必须尊重对方的隐私权。
二、特定情形下的合法查询途径
尽管聊天记录受到隐私权保护，但在特定情形下，您仍然有可能通过合法途径获取这些记录作为证据：
自行收集：
- 如果您能够通过合法手段（如截屏、录屏等）自行收集到妻子的聊天记录，并且这些记录对证明案件事实（如对方出轨、转移财产等）具有重要作用，那么这些记录是可以作为证据提交给法院的。
- 在收集过程中，必须确保手段的合法性和证据的完整性，避免采用非法手段如侵入手机系统或窃取账号密码等，否则这些证据可能因来源不合法而不被法院采纳。
申请法院调查收集：
- 当聊天记录由第三方平台掌握，且您无法自行获取，同时这些记录对证明案件事实具有关键作用时，您可以向法院提出书面申请，请求法院依法调查收集。
- 在申请中，您需要明确说明需要调取的聊天记录的相关信息（如时间范围、聊天对象等），并阐述其必要性和关联性。
- 法院会对您的申请进行审查，若认为符合条件，会向相关平台发出调查令要求其协助提供。但需要注意的是，若聊天记录涉及他人隐私，法院会谨慎权衡后决定是否调取。
涉及违法犯罪或公共利益：
- 如果聊天记录涉及违法犯罪行为（如重婚、诈骗等）或危害国家安全、公共安全、严重危害他人人身安全等公共利益的情况，相关执法机关（如公安机关、检察机关等）可以依据法定程序向相关平台调取聊天记录。
三、法律程序与隐私保护的平衡
在处理聊天记录作为证据的问题时，法院会谨慎权衡个人隐私保护和案件公正审理之间的关系。因此，即使您获得了聊天记录作为证据，也需要确保这些证据的合法性和有效性，并且在使用时尊重和保护对方的隐私权和合法权益。
四、建议与总结
- 在起诉离婚前，建议您先咨询专业律师，了解具体的法律程序和操作方式，以确保您的权益得到充分保护。
- 如果您认为聊天记录对证明案件事实具有重要作用，但无法自行获取，可以考虑向法院提出申请，请求法院依法调查收集。
- 在使用聊天记录作为证据时，务必确保手段的合法性和证据的完整性，避免侵犯他人的隐私权。
综上所述，虽然起诉离婚时直接查询妻子与别人的聊天记录通常涉及隐私权保护问题，但在特定情形下和遵循法定程序的前提下，您仍然有可能通过合法途径获取这些记录作为证据。