租赁农户屋顶进行光伏发电在符合一定条件和遵循相关规定的前提下是合法的。以下是从多个角度进行的详细分析：
一、合同层面的合法性
合法有效的租赁合同：
- 租赁农户屋顶进行光伏发电，首先需要与屋顶的所有权人或有权处分人签订合法有效的租赁合同。合同应明确租赁范围、期限、租金及双方权利义务，特别是关于屋顶使用、改造及光伏设备安装的具体条款。
- 合同内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。例如，租赁期限不得超过二十年，超过部分无效。
合同条款的明确性：
- 合同中应详细列明租赁期限、租金支付方式（包括金额、期限、调整机制）、双方权利义务、违约责任等关键条款。这有助于确保双方对合同的理解一致，减少后续纠纷。
- 特别关注屋顶使用范围、恢复原状要求及设备维护责任划分。例如，合同中应明确光伏设备的安装、运营和维护由承租方负责，并承担相应费用和风险。
二、建设审批层面的合法性
规划许可：
- 安装光伏设施需符合当地城乡规划和建设要求，不得影响城市景观或周边居民权益。因此，在租赁屋顶安装光伏前，应向当地规划部门咨询并办理相关审批手续，确保安装行为合法许可。
安全与质量标准：
- 光伏设备的安装必须符合国家和地方的安全与质量标准。安装企业应具备相应资质，光伏设备需通过质量检测。施工过程中应遵循规范，确保光伏设施安全运行，避免安全事故。
三、其他层面的合法性
电力接入：
- 安装光伏系统后，若需将电力接入电网，需按国家规定向当地供电企业提出申请，并办理并网手续。供电企业将对光伏系统进行验收，验收合格后方可正式并网运行。
环保要求：
- 光伏项目的建设和运营应符合环保要求，不得对周边环境造成污染或破坏。需采取相应环保措施，确保设备生产、安装及退役处理等环节均符合环保标准。
屋顶实际情况考虑：
- 在安装前，需评估屋顶的结构、承重能力等，确保安装光伏设备不会对房屋造成损害。与屋顶所有者进行充分沟通，明确双方权利义务，确保合作顺利。
四、可能存在的风险及防范
合同风险：
- 合同中可能存在模糊条款或不利条款，导致双方权益受损。因此，在签订合同前，应仔细审查合同内容，确保所有条款都符合法律法规的要求，并充分保护自身的合法权益。
政策风险：
- 光伏发电行业受国家政策影响较大。双方应关注相关政策的变化，并在合同中约定如何应对政策调整对合同履行的影响。例如，可以约定在政策变化导致合同无法继续履行时，双方应如何协商解决。
安全风险：
- 光伏发电设备的安装和运营可能存在一定的安全风险。双方应在合同中明确安全责任，并进行必要的安全风险评估和预防措施。例如，可以约定承租方应购买必要的保险，以应对潜在风险。
总结与建议：
租赁农户屋顶进行光伏发电在符合合同、建设审批、安全及环保等多个层面要求的前提下是合法的。为确保合法性和规避潜在法律风险，建议你在租赁前全面了解并遵守当地法律法规、政策及规划要求；与屋顶所有者签订详细、合法的租赁合同；选择具备资质的安装企业；关注环保要求；并在合同中明确双方的权利义务及违约责任。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。