结论：拖欠工资且有借条的情况下，一般不可以直接以民间借贷纠纷起诉，但存在特殊情形可考虑。以下为你详细分析：

一般情况：不能直接以民间借贷纠纷起诉

从法律关系本质来看，拖欠工资是基于劳动者与用人单位之间的劳动关系产生的。劳动者为用人单位提供劳动，用人单位应当按照约定支付劳动报酬，这是劳动法规定的义务。而民间借贷是指自然人、法人和非法人组织之间进行资金融通的行为，其法律关系与劳动关系有着本质区别。

借条虽然存在，但如果借条的形成是基于用人单位拖欠工资，劳动者要求用人单位出具借条来确认欠款事实，这种情况下借条所反映的实质法律关系仍然是劳动关系下的工资拖欠问题，并非真正的民间借贷关系。根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，人民法院立案后，发现民间借贷行为本身涉嫌非法集资等犯罪的，或者发现与民间借贷纠纷案件虽有关联但不是同一事实的涉嫌非法集资等犯罪的线索、材料的，应当裁定驳回起诉，并将涉嫌非法集资等犯罪的线索、材料移送公安或者检察机关。虽然拖欠工资一般不涉及此类犯罪，但这也从侧面说明民间借贷纠纷有其特定的认定标准和法律适用范围，不能随意将其他法律关系套用。

特殊情况：可能可以以民间借贷纠纷起诉

如果用人单位以个人名义向劳动者借款，并且出具了借条，同时该借款行为与劳动关系无关，例如用人单位因个人资金周转困难，向劳动者借款用于个人消费等，这种情况下双方形成的是民间借贷法律关系。劳动者可以依据借条，以民间借贷纠纷为由向法院提起诉讼，要求用人单位偿还借款。不过，要证明借款行为与劳动关系无关，劳动者需要提供充分的证据，如借款时的聊天记录、转账备注等，以证明该借款并非基于劳动关系产生的工资拖欠。

法律建议

1. 收集证据：无论选择以何种法律关系起诉，证据都是关键。如果是拖欠工资问题，要收集劳动合同、工资条、考勤记录、工作证等能够证明劳动关系和工资拖欠事实的证据；如果是民间借贷关系，要收集借条、转账凭证、借款时的沟通记录等证据。
2. 确定法律关系：仔细分析借条的形成原因和背景，确定其背后的真实法律关系。如果不确定，可以咨询专业律师，让律师帮助你进行法律分析和判断。
3. 选择合适的维权途径：如果确定是拖欠工资问题，可以向劳动监察部门投诉，也可以申请劳动仲裁；如果确定是民间借贷问题，可以直接向法院提起诉讼。

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