在协商离职补偿金时，赔偿金的计算基数通常是应发工资，而非实发工资。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条：经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条：劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。
二、应发工资与实发工资的区别
应发工资：指用人单位依据国家有关规定或劳动合同的约定，以货币形式直接支付给本单位劳动者的劳动报酬，一般包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资以及特殊情况下支付的工资等。它反映了劳动者在正常工作时间内的全部劳动报酬。
实发工资：即通常所说的现金收入，是扣除社保、公积金、个税等项目后的实际到手金额。它并不完全反映劳动者的全部劳动报酬，因为扣除了部分费用。
三、赔偿金计算基数的确定
根据上述法律规定，赔偿金的计算基数应为劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均应发工资，而不是实发工资。这是因为：
应发工资包含了劳动者在正常工作时间内的劳动报酬以及可能获得的奖金、津贴和补贴等，更能全面反映劳动者的收入水平。
使用应发工资作为计算基数，可以确保劳动者在解除劳动合同时获得与其实际收入水平相匹配的补偿，从而维护劳动者的合法权益。
四、实际应用中的注意事项
确认工资构成：在协商离职补偿金时，劳动者应首先确认自己的工资构成，包括基本工资、奖金、津贴和补贴等，以便准确计算应发工资。
保留相关证据：劳动者应保留好与工资相关的证据，如工资条、银行转账记录等，以便在协商或诉讼过程中证明自己的应发工资水平。
协商与诉讼：如果双方在协商过程中无法就补偿金达成一致，劳动者可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来维护自己的权益。
总结来说，在协商离职补偿金时，应以应发工资作为计算基数，以确保劳动者的合法权益得到充分保障。如果你在协商过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。