甲方开给乙方欠条上注明不含税的工程款，这样的欠条在符合法定要件的情况下是有效的，但“不含税”的表述可能引发后续法律风险或争议。以下从多个角度进行分析：

欠条有效的基本条件

根据《中华人民共和国民法典》第一百四十三条的规定，民事法律行为有效需满足以下条件：

1. 行为人具有相应的民事行为能力：即甲方和乙方均需具备签订欠条的法律资格，如具有完全民事行为能力。
2. 意思表示真实：欠条的内容必须是双方真实意愿的反映，不存在欺诈、胁迫等情形。若“不含税”的表述是双方真实意思的表示，且未违反法律法规的强制性规定，则该表述本身不影响欠条的效力。
3. 不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗：欠条的内容必须合法合规，不得违反国家法律法规和社会公共利益。虽然“不含税”的表述可能涉及税务问题，但并不直接导致欠条无效，除非该表述本身违反了税收法律法规的强制性规定。

“不含税”表述可能引发的法律风险

1. 税务合规风险：在建设工程合同中，工程款通常包含税费。若欠条中注明“不含税”，可能意味着双方约定由乙方自行承担税费或甲方不承担税费。然而，这种约定可能违反税收法律法规的强制性规定，如逃避纳税义务等。一旦税务机关查处，双方可能面临补缴税款、滞纳金、罚款等法律责任。
2. 合同解释争议：若欠条中仅注明“不含税”，而未明确税费的承担方和计算方式，可能导致双方在合同履行过程中产生争议。例如，乙方可能主张甲方应承担税费，而甲方则可能主张乙方应自行承担。这种争议可能影响欠条的履行和双方的合作关系。

建议与措施

1. 明确税费承担方和计算方式：在签订欠条时，双方应明确税费的承担方和计算方式，以避免后续争议。例如，可以在欠条中注明“工程款不含税，税费由乙方承担，具体税费金额按照国家规定计算”等。
2. 遵守税收法律法规：双方应严格遵守税收法律法规的强制性规定，不得逃避纳税义务或进行其他违法行为。若对税务问题存在疑问或不确定，建议咨询专业税务机构或律师的意见。
3. 完善欠条内容：除了注明税费问题外，欠条还应包含欠款人与债权人的法定全名、欠款的具体时间和原因、欠款金额（需同时包括大写和小写）、还款的具体时间及付款方等必要内容。同时，欠款人应在欠条上签名、盖章或按指印以确认其真实性和法律效力。

总结来说，虽然甲方开给乙方欠条上注明不含税的工程款在符合法定要件的情况下是有效的，但“不含税”的表述可能引发后续法律风险或争议。因此，在签订欠条时，双方应明确税费承担方和计算方式，并严格遵守税收法律法规的强制性规定。若您在建设工程合同纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。