纪委在特定情况下可以核查政府部门审批的合法性，但并非直接对所有审批行为进行核查，而是主要针对审批过程中可能存在的违纪违法行为进行监督和调查。以下从多个角度进行详细分析：
纪委的职责与权限：
- 纪委是党内监督的专责机关，主要负责监督党的组织和党员领导干部，确保其遵守党的纪律和国家法律。
- 在政府部门审批过程中，如果涉及党的组织或党员领导干部的违纪违法行为，纪委有权进行监督和调查。这包括审批过程中的滥用职权、玩忽职守、徇私舞弊等行为。
政府部门审批的合法性核查主体：
- 政府部门审批的合法性通常由其上级行政机关、审计机关或专门的行政监督机构进行核查。这些机构具有专业的行政监督和审计能力，能够全面、客观地评估审批行为的合法性。
- 纪委并不直接承担对所有政府部门审批行为合法性的核查职责，但其监督工作可以与这些核查工作形成互补，共同确保审批行为的合法性和公正性。
纪委核查的触发条件：
- 纪委的核查通常是在收到相关举报、投诉或发现违纪违法线索后启动的。例如，如果有人举报某政府部门在审批过程中存在收受贿赂、滥用职权等行为，纪委可能会介入调查。
- 此外，纪委也可能根据上级指示或专项监督工作的需要，对特定领域的审批行为进行核查。
纪委核查的方式与程序：
- 纪委在核查过程中，会依法依规进行调查取证、询问相关人员、查阅相关文件等工作。
- 如果发现违纪违法行为，纪委会根据党纪国法的相关规定，对涉事人员进行纪律处分或移送司法机关处理。
实际案例与法律后果：
- 在实际案例中，纪委的核查工作往往能够揭示出审批过程中的违纪违法行为，并推动相关问题的整改和解决。
- 对于涉事人员来说，如果纪委的核查证实其存在违纪违法行为，将面临党纪国法的严肃处理，包括警告、记过、降级、撤职、开除等纪律处分，以及可能的刑事责任追究。
建议：
- 如果您对政府部门审批的合法性有疑问或发现相关违纪违法线索，可以向纪委或相关行政监督机构进行举报或投诉。
- 在举报或投诉时，请尽量提供详细、准确的线索和证据，以便相关部门能够及时、有效地进行核查和处理。
- 同时，您也可以关注相关部门的核查结果和处理情况，确保您的权益得到保障。
如果您在政府部门审批合法性核查方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。