结论：要将公司实际控制人列为被告，需根据实际情况确定其是否符合被告的主体资格，并收集相关证据，按照民事诉讼程序进行起诉。以下从几个方面详细阐述：
一、确定实际控制人是否符合被告主体资格
实际控制人的定义：
- 根据《中华人民共和国公司法》及相关司法解释，实际控制人是指虽不是公司的股东，但通过投资关系、协议或者其他安排，能够实际支配公司行为的人。
- 如果实际控制人直接参与了公司的经营管理，或者其决策对公司产生了重大影响，且其行为可能损害了公司、股东或其他债权人的利益，那么其可能成为诉讼的被告。
被告主体资格的判断：
- 需要审查实际控制人是否实施了侵权行为或违约行为，以及这些行为是否与公司、股东或其他债权人的损害之间存在因果关系。
- 如果实际控制人的行为构成了对公司、股东或其他债权人权益的侵害，那么其就具备了成为被告的主体资格。
二、收集相关证据
证明实际控制人身份的证据：
- 包括但不限于公司章程、股东名册、董事会决议、投资协议、委托持股协议等，这些证据可以证明实际控制人对公司的实际支配地位。
证明实际控制人侵权或违约的证据：
- 如财务报表、交易记录、会议纪要、电子邮件、短信等，这些证据可以证明实际控制人实施了损害公司、股东或其他债权人利益的行为。
证明损害结果的证据：
- 如审计报告、评估报告、损失计算清单等，这些证据可以证明公司、股东或其他债权人因实际控制人的行为而遭受了实际损失。
三、按照民事诉讼程序进行起诉
撰写起诉状：
- 起诉状应明确列明原告、被告的基本信息，诉讼请求，事实与理由，以及证据和证据来源等。
- 在起诉状中，应详细阐述实际控制人的身份、行为、损害结果以及因果关系等，以支持原告的诉讼请求。
提交起诉状及相关证据：
- 将起诉状及相关证据提交至有管辖权的人民法院，并按照法院的要求缴纳诉讼费用。
参与诉讼过程：
- 在诉讼过程中，原告应积极配合法院的调查和审理工作，按时出庭参加诉讼，并就相关事实和证据进行陈述和辩论。
四、注意事项
诉讼时效：
- 需要注意诉讼时效的问题，确保在法定的诉讼时效期间内提起诉讼，否则可能会丧失胜诉权。
证据保全：
- 在提起诉讼前或诉讼过程中，如果担心证据可能灭失或以后难以取得，可以向法院申请证据保全。
专业法律帮助：
- 由于涉及公司法务和民事诉讼等复杂法律问题，建议在起诉前咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。
举例说明：假设某公司的实际控制人通过关联交易将公司资产转移至其个人名下，导致公司无法偿还债务，债权人可以收集相关证据（如关联交易合同、资金流转记录等），证明实际控制人的行为损害了公司的利益，进而损害了债权人的利益。然后，债权人可以撰写起诉状，将实际控制人列为被告，向有管辖权的人民法院提起诉讼。
后续行动建议：如果您在准备起诉材料或诉讼过程中遇到任何问题，或者需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，提供更详细的法律建议和帮助。