三方协议可以电子盖章后打印，但需满足一定条件以确保其法律效力。具体分析如下：

1. 电子签名的法律效力
   根据《中华人民共和国电子签名法》第三条，民事活动中的合同文件，只要不涉及“婚姻、收养、继承等人身关系”“停止供水、供热等公用事业服务”或“法律、行政法规规定不适用电子文书的其他情形”，均可使用电子签名。三方协议若属于普通商事合同（如企业合作、劳务派遣等），原则上允许使用电子签名。

2. 电子盖章的合法性要求

   • 可靠电子签名：需满足《电子签名法》第十三条规定的条件，即电子签名制作数据归签名人专有、签署时由签名人控制、签署后对签名的任何改动可被发现、签署后对数据电文内容和形式的任何改动可被发现。
     
   • 第三方认证：建议通过合法CA机构（如中国金融认证中心、各省级数字证书认证中心）获取电子签名认证证书，以增强证据效力。
     
   • 签署流程合规：需通过符合《电子合同法》《网络安全法》等规定的电子合同平台（如法大大、e签宝）完成签署，确保签署过程可追溯、不可篡改。

3. 打印后的效力问题

   • 原件与复印件的区分：电子盖章后的协议本身属于数据电文原件，打印件属于复印件。根据《电子签名法》第七条，数据电文不得仅因以电子形式存在而被否定其法律效力，但打印件需与其他证据（如签署日志、认证记录）结合，才能证明其与原件一致。
     
   • 举证责任：若发生纠纷，主张协议有效的一方需证明电子签名真实、签署流程合规，且打印件未被篡改。因此，建议保留完整的电子签署记录作为证据。

4. 实务建议

   • 优先使用电子形式：若三方均接受电子协议，可直接通过电子合同平台签署并存储，避免打印件可能引发的效力争议。
     
   • 打印件补充措施：若需打印，可在协议中注明“本协议以电子形式签署，打印件仅供备案使用，与电子原件具有同等效力”，并由三方签字确认。
     
   • 行业特殊规定：部分行业（如金融、医疗）可能对电子签名有额外要求，需结合具体领域法规操作。

总结：三方协议可电子盖章后打印，但需确保电子签名合法、签署流程合规，并保留完整证据链。若对效力存疑，建议直接使用电子形式签署或咨询专业律师完善协议条款。