纪委书记的司机在法律层面可以注册公司，但需分情况讨论其合规性，具体分析如下：
若司机与纪委书记无利益关联，且资金来源合法
根据《公司法》及市场监管规定，自然人只要具备完全民事行为能力、无重大违法失信记录，即可注册公司。司机作为普通职业者，若注册资金来自个人合法收入（如工资、投资收益等），且未利用纪委书记的职务便利获取资源，则注册行为完全合法。例如，司机用多年积蓄开设一家小型物流公司，与纪委书记的职权范围无交集，即符合法律规定。
若司机与纪委书记存在利益输送或权力寻租
若司机注册公司的资金实际来源于纪委书记的受贿所得，或公司业务依赖纪委书记的职务影响力（如违规承接政府工程、干预招投标等），则可能涉嫌《刑法》中的受贿罪或利用影响力受贿罪。此外，若司机作为纪委书记的“特定关系人”，通过注册公司掩盖利益输送，还可能违反《中国共产党纪律处分条例》中关于“违规经商办企业”的规定，面临党纪处分。
特殊身份限制需注意
若司机同时担任公职（如机关事业单位驾驶员），则需遵守《公务员法》或《事业单位工作人员处分暂行规定》中关于“禁止经商办企业”的规定。但根据题目描述，司机身份更倾向于“专职驾驶员”，通常不属于公职人员范畴，因此不受此限制。
建议：若司机计划注册公司，应确保资金来源合法、经营行为独立，并主动向纪委书记报备以避免利益冲突嫌疑；若涉及复杂股权结构或与公权力关联的业务，建议提前咨询法律专业人士进行合规审查。如有进一步疑问，可直接向我提问。