当股东因犯罪入狱且公司经营出现问题时，处理方式需结合具体情境综合判断，以下是分情况的核心结论及处理建议：

1. 股东身份与公司决策权的关系

   • 若该股东是控股股东或实际控制人，其入狱可能导致公司决策机制瘫痪。此时需根据《公司法》及公司章程，召开临时股东会或董事会，重新选举法定代表人或调整管理层。若章程无特殊规定，其他股东可联合行使表决权完成决策层更替。
     
   • 若该股东仅是小股东且不参与经营，其入狱原则上不影响公司日常运营，但需关注其股权是否被冻结或查封（涉及刑事案件时常见），避免后续股权处置影响公司稳定。

2. 股权处置与继承问题

   • 根据《公司法》第75条，若股东被依法判处刑罚且涉及财产部分执行，其股权可能被司法机关强制拍卖或转让。此时公司需配合办理工商变更登记，并确保新股东入股程序合法（如其他股东优先购买权行使）。
     
   • 若股东在服刑期间死亡，其股权按《民法典》继承编处理，继承人需提供公证文书或法院判决书办理股权过户，公司应审查继承资格并更新股东名册。

3. 公司债务与连带责任风险

   • 若公司因经营问题产生债务，股东个人犯罪原则上不直接导致公司债务连带，但需警惕两种例外：
     
     • 若股东利用公司名义实施犯罪（如诈骗、非法集资），可能被认定“公司人格否认”，需对公司债务承担连带责任；
       
     • 若股东同时是公司担保人或存在抽逃出资、挪用资金等行为，可能因个人违法导致公司资产减少，进而引发债权人追责。
       
   • 建议：立即委托会计师审计公司财务，确认是否存在股东违法操作导致资产流失，必要时向公安机关报案或提起民事诉讼追偿。

4. 公司解散与清算程序

   • 若公司因股东入狱导致无法继续经营（如失去关键资质、主要客户流失），可依据《公司法》第180条启动解散程序：
     
     • 协商解散：由剩余股东召开股东会，经代表三分之二以上表决权股东通过解散决议；
       
     • 司法解散：若股东会无法形成有效决议，持有公司10%以上股权的股东可向法院申请强制解散，但需证明公司“经营管理发生严重困难”。
       
   • 清算重点：解散后需成立清算组，通知债权人申报债权，并按《公司法》第186条顺序清偿债务（员工工资→税费→普通债权→股东分配）。若资产不足清偿，需向法院申请破产。

行动建议：

1. 立即召开股东会评估公司状况，明确是否继续经营或解散；
   
2. 委托律师核查股东犯罪是否与公司业务相关，防范连带责任风险；
   
3. 若选择继续经营，需调整公司治理结构（如变更法定代表人、修订章程）；
   
4. 若选择解散，务必依法完成清算程序，避免因程序瑕疵被债权人追责。
   

如有具体案件细节（如股东犯罪类型、公司股权结构等），可进一步向我咨询，我会结合实际情况提供更精准的方案。