农村养殖基地的土地性质是否属于商业用地，需根据土地的具体规划用途和取得方式来判断，不能一概而论。以下是具体分析：

1. 若养殖基地占用的是集体建设用地中的“设施农用地”
   根据《自然资源部、农业农村部关于设施农业用地管理有关问题的通知》（自然资规〔2019〕4号），设施农用地包括生产设施用地和附属设施用地（如养殖圈舍、饲料存储、粪污处置等），属于农用地范畴，无需办理农用地转用审批手续，也不属于商业用地。但需注意：

   • 设施农用地需符合乡镇土地利用总体规划；
     
   • 需经乡镇政府备案，并纳入县级自然资源部门动态监管；
     
   • 不得改变用途用于非农建设，否则需依法办理转用手续并补缴出让金。

2. 若养殖基地占用的是集体建设用地中的“经营性建设用地”
   根据《土地管理法》第六十三条，集体经营性建设用地（如原乡镇企业用地、废弃集体公益性建设用地等）经依法登记后，可由集体经济组织通过出让、出租等方式交由单位或个人使用，用于工业、商业等经营性用途。若养殖基地通过此方式取得土地，且土地规划用途为商业服务，则可能被认定为商业用地，但需满足：

   • 土地已纳入年度建设用地供应计划；
     
   • 符合国土空间规划（原土地利用总体规划和城乡规划）；
     
   • 签订书面合同并明确土地用途、期限及双方权利义务。

3. 若养殖基地占用的是国有土地

   • 若通过出让方式取得，且《国有建设用地使用权出让合同》中明确约定土地用途为“商业服务业设施用地”（如批发零售、住宿餐饮等），则属于商业用地；
     
   • 若通过划拨方式取得（如政府为公共利益无偿提供土地），则通常不属于商业用地，但若后续改变用途用于商业养殖，需补缴出让金并办理变更登记。

风险提示：

• 擅自改变土地用途（如将农用地用于非农建设）可能面临责令退还土地、拆除建筑物、罚款等行政处罚，甚至构成非法占用农用地罪（《刑法》第三百四十二条）；
  
• 租赁集体土地时，需确认土地性质及规划用途，避免因合同无效导致损失；
  
• 建议在项目启动前，向当地自然资源部门查询土地规划用途，并办理合法用地手续。

如有具体案例或土地权属证明，可进一步提供细节，我会为您分析土地性质及合规风险。