结论：虽然我国现行法律并未明确禁止在合同上同时加盖合同章和公章，但在实际操作中，建议根据合同的具体内容和性质选择合适的印章进行加盖，以避免引发不必要的麻烦和误解。
法律层面分析
合同有效性不受影响：
- 根据我国法律规定，合同的有效性主要取决于双方当事人的民事行为能力、意思表示的真实性、合同内容的合法性以及不违背公序良俗等原则。盖章只是证明合同成立的一种方式，因此，同时加盖合同章和公章并不会直接影响合同的法律效力。
无明文禁止：
- 法律并未明确规定不能同时加盖合同章和公章，这意味着在理论上，这样的做法并不违法。
实践操作层面分析
印章角色与使用场景：
- 合同章主要用于签订经济合同，是专门用于确认合同法律效力和明确双方权利义务关系的印章。
- 公章则更多用于证明公司身份或签署重要文件，具有最高法律效力，适用于公司重大事务的处理。
- 两者在使用场景和目的上存在差异，因此应根据实际需要选择使用。
增强证明效力与潜在风险：
- 在某些重要商业合同或高风险合作中，同时加盖两种印章可能被视为增强合同证明力的方式，显示公司对合同的重视，提升合同相对方的信心。
- 然而，这种做法也可能引发关于合同真实性和有效性的质疑，给合同的执行带来复杂性。例如，对方可能主张合同存在瑕疵或无效，特别是在合同约定必须使用特定印章而实际未严格遵守时。
推荐做法：
- 为避免不必要的麻烦，建议根据合同的具体内容和性质选择合适的印章进行加盖。一般而言，经济合同应加盖合同章，而需要证明公司身份的场合则应使用公章。
- 如果合同涉及金额较大、交易复杂或存在其他高风险因素，可以考虑在合同中明确约定印章的使用方式，以减少潜在的法律风险。
公司印章使用规范建议
授权管理：
- 公司应明确授权特定人员管理和使用印章，确保印章使用的安全性和合规性。未经授权的人员不得擅自使用印章。
制度建立：
- 建立完善的印章管理制度，包括印章的刻制、保管、使用和销毁等环节。制度应明确印章的使用范围、审批程序、保管责任等，以确保印章管理的规范性和严谨性。
避免歧义：
- 公司应清晰界定不同印章的使用场景和目的，避免同时使用多种印章导致外界对公司用章管理产生疑问。例如，可以在公司内部文件中明确规定哪些合同需要加盖合同章，哪些文件需要加盖公章。
特殊情况处理
- 如果公司确实需要在一份合同上同时加盖合同章和公章，建议事先咨询专业律师或法律顾问的意见，以确保合同的合法性和有效性。同时，应在合同中明确注明这种情况的处理方式及效力，以减少法律风险。
总结：虽然法律上并未禁止同时加盖合同章和公章，但在实际操作中应谨慎行事。公司应根据合同的具体内容和性质选择合适的印章进行加盖，并建立完善的印章管理制度。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。