若发现投标文件业绩造假但项目已施工，处理方式需分情况讨论，具体如下：

1. 从行政责任角度
   根据《招标投标法》第五十四条，投标人以弄虚作假方式骗取中标的，中标无效，处中标项目金额千分之五至千分之十的罚款，对单位直接负责的主管人员和其他责任人处单位罚款数额百分之五至百分之十的罚款；有违法所得的，并处没收违法所得；情节严重的，取消其一年至三年内参加依法必须进行招标的项目的投标资格并予以公告，直至由工商行政管理机关吊销营业执照。
   即使项目已施工，行政机关仍可对上述违法行为进行处罚，且处罚对象包括单位和个人。例如，若某企业通过伪造业绩中标后已施工，监管部门可依法对其罚款、没收违法所得，并可能限制其未来投标资格。

2. 从民事责任角度
   若因业绩造假导致合同被认定无效（依据《民法典》第一百五十三条，违反法律强制性规定的合同无效），双方需返还财产或折价补偿。但施工项目已实际投入，可能无法直接返还，此时法院可能根据双方过错程度分担损失。例如，若发包方未尽审查义务，可能需承担部分责任；若承包方故意造假，则需赔偿发包方因此遭受的损失（如重新招标费用、工期延误损失等）。

3. 从刑事责任角度
   若业绩造假行为涉及伪造公司、企业印章（如伪造业绩证明文件上的公章），可能触犯《刑法》第二百八十条第二款，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或剥夺政治权利，并处罚金。此外，若通过行贿等手段获取业绩证明，还可能构成行贿罪等。刑事责任不因项目已施工而免除，司法机关仍可依法追诉。

4. 从项目后续处理角度

   • 合同效力：发包方有权主张合同无效，但需权衡利弊（如项目已施工，解除合同可能导致更大损失）。
     
   • 质量责任：即使合同无效，承包方仍需对工程质量负责。若工程不合格，发包方可要求返工、修理或赔偿损失。
     
   • 结算问题：若合同无效但工程经验收合格，可参照合同约定折价补偿承包方；若不合格，承包方无权请求支付工程价款。

建议行动步骤：

1. 立即停止使用虚假业绩材料，避免进一步违法；
   
2. 评估造假行为的严重程度及可能面临的法律后果；
   
3. 与发包方协商，争取通过补充协议或整改方式弥补过错；
   
4. 咨询专业律师，制定应对策略（如主动向监管部门坦白以争取从轻处罚）。
   

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