如果起诉公司但公司在此期间注销了，这确实会给诉讼带来一定的影响，但并不意味着诉讼就无法继续或无法维护您的合法权益。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
公司注销后的法律地位：
- 公司一旦注销，其法人资格即告终止，不再作为法律上的主体存在。这意味着，从法律上讲，公司已经“死亡”，无法再承担法律责任或享有法律权利。
- 然而，公司注销并不意味着其之前的法律行为和责任也随之消失。特别是，如果公司在注销前存在未了结的债务或法律纠纷，这些责任并不会因公司的注销而自动免除。
诉讼的继续与变更：
- 诉讼继续：如果公司注销时，诉讼程序已经启动但尚未终结，您仍然可以继续推进诉讼。不过，由于公司已经注销，您可能需要将诉讼对象变更为公司的股东、发起人或清算义务人等，具体取决于公司注销的原因和程序。
- 诉讼变更：根据《公司法》及相关司法解释，如果公司因解散、破产等原因注销，且存在未清偿的债务，债权人（包括您这样的诉讼原告）有权要求公司的股东、发起人或清算义务人在其认缴的出资额或清算所得范围内承担清偿责任。因此，您可能需要将诉讼对象变更为这些责任主体。
具体操作建议：
- 收集证据：首先，您需要收集所有与公司注销前相关的证据，包括合同、交易记录、付款凭证、诉讼材料等，以证明您的权益和公司的责任。
- 确定责任主体：其次，您需要确定公司注销后的责任主体。这可能需要查阅公司的注销文件、清算报告等，以了解公司的注销原因、清算过程以及责任主体的认定。
- 变更诉讼对象：在确定了责任主体后，您需要向法院申请变更诉讼对象，将原来的公司变更为现在的责任主体（如股东、发起人或清算义务人等）。
- 继续诉讼：最后，您可以继续推进诉讼程序，要求责任主体承担相应的法律责任。
可能面临的挑战与应对：
- 责任主体难以确定：有时，由于公司注销程序的不规范或信息的不透明，您可能难以确定具体的责任主体。在这种情况下，您可能需要寻求专业律师的帮助，通过法律途径进行调查和取证。
- 责任主体无力承担：即使确定了责任主体，他们也可能因各种原因（如资金短缺、破产等）无力承担法律责任。在这种情况下，您可能需要考虑其他救济途径，如申请强制执行、参与破产分配等。
总结来说，起诉公司但公司在此期间注销了，并不意味着您的诉讼就无法继续或无法维护您的合法权益。您可以通过收集证据、确定责任主体、变更诉讼对象等步骤继续推进诉讼程序。同时，您也需要做好面对可能挑战的准备，并寻求专业律师的帮助以确保您的权益得到最大程度的维护。如果您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。