结论前置：关于公司注册地址是法人自有房产时，选择无偿使用还是租赁，这主要取决于公司的实际运营需求、税务筹划以及未来可能的风险考量。以下是从不同角度进行的分析：
一、无偿使用的情况
法律关系简单：
- 无偿使用意味着公司无需向法人支付租金，因此不存在租金支付的法律义务和纠纷风险。
- 双方只需签订一份无偿使用协议，明确使用期限、使用范围等基本条款即可。
税务优势：
- 对于法人而言，无偿提供房产给公司使用，通常不需要缴纳租金收入的税费。
- 对于公司而言，由于无需支付租金，因此也不存在租金支出的税务抵扣问题（但需注意，若公司有盈利且需要缴纳企业所得税，无偿使用房产可能不被视为合理的成本支出，从而影响税务筹划）。
潜在风险：
- 若公司未来出现债务纠纷或法律诉讼，法人作为房产的所有者，其房产可能因与公司的关联关系而受到牵连。
- 无偿使用协议若未明确约定双方的权利义务，可能在未来产生争议。
二、租赁的情况
法律关系明确：
- 租赁关系通过签订租赁合同来确立，合同中明确约定了租金、租赁期限、租赁用途等条款，双方的权利义务清晰明确。
- 租赁合同具有法律效力，一旦一方违约，另一方可以依据合同条款寻求法律救济。
税务筹划灵活：
- 对于法人而言，收取租金需要缴纳相应的税费，但可以通过合理的税务筹划来降低税负。
- 对于公司而言，租金支出可以作为成本在税前扣除，从而降低企业所得税的应纳税额。
风险隔离：
- 租赁关系下，公司的债务纠纷或法律诉讼通常不会直接牵连到法人的房产。
- 租赁合同可以设定一些保护性条款，如租金调整机制、提前解约条件等，以应对未来可能出现的风险。
三、综合建议
- 若公司处于初创期或资金紧张：且法人对公司的经营状况有充分信心，可以选择无偿使用的方式，以降低公司的运营成本。但务必签订无偿使用协议，并明确约定双方的权利义务。
- 若公司需要明确的法律关系和税务筹划：或者法人希望与公司保持一定的经济独立性，建议选择租赁的方式。租赁合同应详细、明确，并考虑设置一些保护性条款。
- 无论选择哪种方式：都应充分考虑未来可能出现的风险，并提前做好应对准备。例如，可以定期评估公司的经营状况和财务状况，以及法人与公司之间的关联关系等。
最后，选择无偿使用还是租赁，应根据公司的实际情况和法人的个人意愿来综合决定。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。