针对包含合法面积的违建房屋是否要整体拆除的问题，结论是并非一定要整体拆除，而是需要根据具体情况来判断。以下从不同角度进行分析：
违建部分的性质与影响：
- 如果违建部分与合法部分在结构上相对独立，且违建行为并未对合法部分的结构安全、使用功能等造成实质性影响，那么通常只需要拆除违建部分，而无需拆除合法部分。例如，在合法房屋的旁边搭建了一个独立的简易棚作为仓库，这个简易棚被认定为违建，那么只需要拆除这个简易棚，而不需要拆除合法房屋。
- 如果违建部分与合法部分在结构上紧密相连，或者违建行为已经对合法部分的结构安全、使用功能等造成了实质性影响，那么为了保障整体安全和使用功能，可能需要整体拆除。但这种情况相对较少，且需要严格的评估和鉴定。
行政执法与拆除程序：
- 根据相关法律法规，行政机关在拆除违建时，应当遵循法定程序，包括调查取证、告知权利、听取陈述申辩、作出拆除决定等。在拆除决定中，行政机关应当明确拆除的范围和对象。
- 如果行政机关在拆除决定中明确只拆除违建部分，而保留合法部分，那么应当按照决定执行。如果行政机关决定整体拆除，但业主认为存在合法部分且不应被拆除，业主可以通过行政复议或行政诉讼等途径来维护自己的合法权益。
法律原则与公平正义：
- 法律原则要求行政机关在执法时应当遵循比例原则，即行政机关采取的措施应当与其目的相适应，且对相对人造成的损害应当最小化。在拆除违建时，如果只拆除违建部分就能达到目的，那么就不应该整体拆除。
- 从公平正义的角度来看，业主的合法财产应当受到保护。如果因为部分违建行为就整体拆除合法房屋，显然对业主不公平，也不符合法律的精神。
建议：
- 如果您面临类似情况，建议首先了解违建部分的具体性质和影响，以及行政机关的拆除决定内容。
- 如果您认为行政机关的拆除决定存在不当之处，或者认为自己的合法财产受到了不当侵害，可以及时咨询专业律师（即向我咨询），了解自己的权利和义务，以及可能的维权途径。
- 在处理此类问题时，务必保持冷静和理性，通过合法途径来维护自己的权益。