在政府招投标项目中，若发现投标公司有违规操作，相关部门进行处罚的追诉期（即追责时效）主要依据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定来确定。具体分析如下：

1. 一般规定：

   • 根据《中华人民共和国行政处罚法》第三十六条：“违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。” 这意味着，在一般情况下，如果投标公司的违规操作在两年内未被相关部门发现，那么相关部门将不再对其进行行政处罚。若违规操作涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果，则追责时效延长至五年。

2. 特殊规定：

   • 需要注意的是，如果其他法律对招投标违规操作的追责时效有特别规定，那么应优先适用该特别规定。例如，在某些特定领域或特定类型的违规行为中，法律可能规定了更长的追责时效。

3. 追责时效的起算点：

   • 追责时效的起算点通常是从违法行为发生之日起计算。如果违法行为有连续或者继续状态的，那么从行为终了之日起计算。这意味着，如果投标公司的违规操作是一个持续的过程，那么追责时效将从该违规操作结束之日起计算。

4. 实际操作建议：

   • 对于相关部门而言，一旦发现投标公司存在违规操作，应尽快启动调查程序，并在追责时效内作出行政处罚决定。
   • 对于投标公司而言，应严格遵守招投标法律法规，避免违规操作，以免面临行政处罚的风险。
   • 如果投标公司认为相关部门的行政处罚决定存在错误或不当之处，可以在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。

总结来说，政府招投标项目中投标公司违规操作的追责时效一般遵循《中华人民共和国行政处罚法》的规定，即二年或五年（涉及特定领域且有危害后果时）。但具体追责时效还需根据相关法律法规和违规行为的具体情况来确定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。