关于违建证明应由谁出具的问题，这通常与违建的认定流程以及相关执法主体的职责紧密相关。以下是我为您详细梳理的解答：
首先，我们需要明确违建认定的执法主体。在乡村地区，违法占用耕地建房的行为，一般由乡、镇人民政府负责调查、核实及认定工作。而在城市规划区内，违法占地建设或未按规划许可证建设的行为，则由县级以上城乡规划主管部门或自然资源主管部门负责调查处理。
接下来，我们了解违建认定的正规流程：
立案与调查：当相关部门接到举报或发现违法建筑时，会组织两名以上执法人员前往现场展开调查。调查内容包括违法占地建设的面积、结构及修建时间，并会编制笔录、拍照、录像。同时，执法人员会向当事人收集房屋产权证、土地使用权证等合法建筑证明材料。
告知违法事实与保障权利：在调查认定后，若确认存在违法行为，相关部门会向当事人告知拟作出的行政处罚内容、事实、理由及依据，并告知当事人依法享有的陈述、申辩、要求听证等权利。
作出行政处罚决定：若当事人的陈述、申辩不成立，相关部门会在立案之日起90日内作出行政处罚决定。处罚决定书会包含当事人信息、违法事实、处罚种类和依据、履行方式和期限、救济途径等内容。
关于违建证明的出具：
在违建认定的过程中，实际上是由执法主体（如乡、镇人民政府或县级以上城乡规划主管部门、自然资源主管部门）通过调查、核实来认定建筑是否违法，并出具相应的行政处罚决定书或违建认定书。这些文件在法律上具有证明建筑是否违法的效力。
如果当事人对违建认定有异议，可以通过法律途径进行申诉或提起行政诉讼。在诉讼过程中，法院会根据双方提供的证据和法律规定进行裁决。
值得注意的是，村委会或其他非执法主体出具的证明或证人证言，通常不足以单独证实建筑的合法性。人民法院在审理相关案件时，会根据具体案件进行具体区分，综合考量各种因素作出合理判断。
综上所述，违建证明应由具有执法权的乡、镇人民政府或县级以上城乡规划主管部门、自然资源主管部门在调查核实后出具。如果您对违建认定有疑问或需要进一步的法律帮助，建议咨询专业的法律人士或相关执法部门。