承兑汇票支付工程款在法律上是合法的，但具体合法性及操作细节需结合相关法律法规及合同约定来综合判断。以下从多个角度为您详细分析：
一、法律层面的合法性
《中华人民共和国票据法》的相关规定：
- 承兑汇票作为一种票据形式，其发行、流通和承兑均受到《中华人民共和国票据法》的规范。该法并未禁止使用承兑汇票作为支付工程款的方式，因此，从法律条文的角度来看，使用承兑汇票支付工程款是合法的。
合同自由原则：
- 在建设工程合同中，双方当事人有权自由约定支付方式。只要合同中的约定不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该约定就是有效的。因此，如果合同中明确约定了可以使用承兑汇票支付工程款，那么这种支付方式就是合法的。
二、实际操作中的注意事项
承兑汇票的承兑风险：
- 承兑汇票的核心在于“承兑”，即付款人承诺在汇票到期日支付汇票金额。然而，如果付款人（通常是银行或企业）在汇票到期日无法履行支付义务，那么持票人（即收款人，如建设工程承包商）将面临承兑风险。因此，在使用承兑汇票支付工程款时，应谨慎评估付款人的信用状况，以降低承兑风险。
合同条款的明确性：
- 为了避免纠纷，建设工程合同中应明确约定承兑汇票的支付细节，包括但不限于汇票的种类、金额、出票日、到期日、承兑人等。同时，还应约定如果承兑汇票无法承兑时的处理方式，如由付款人提供其他支付方式或承担违约责任等。
税务处理：
- 使用承兑汇票支付工程款时，还应注意税务处理问题。根据税法规定，承兑汇票的贴现利息等可能涉及税务问题，双方当事人应依法进行税务申报和缴纳。
三、可能面临的法律后果
如果合同未明确约定承兑汇票支付方式：
- 如果建设工程合同中未明确约定可以使用承兑汇票支付工程款，而一方当事人擅自使用承兑汇票进行支付，可能构成违约行为。此时，另一方当事人有权要求违约方承担违约责任，包括但不限于支付违约金、赔偿损失等。
如果承兑汇票无法承兑：
- 如果承兑汇票在到期日无法承兑，且合同中未约定处理方式，那么持票人可能面临无法收回工程款的风险。此时，持票人可以依据合同法和票据法的相关规定，向付款人或出票人主张权利，要求其履行支付义务或承担违约责任。
建议：在使用承兑汇票支付工程款时，双方当事人应充分了解相关法律法规和合同条款，谨慎评估付款人的信用状况，明确约定支付细节和违约责任等条款，以降低法律风险和纠纷发生的可能性。如果您在建设工程领域遇到任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。