合同中规定“提前30天申请辞职不然扣工资”的条款是不合法的。以下是从多个角度对此问题的详细分析：

一、法律依据与工资支付义务

根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，无论劳动者是否提前通知离职，只要其为用人单位提供了正常劳动，用人单位就有义务支付其应得的全部薪酬。因此，合同中规定未提前30天申请辞职就扣工资的做法，直接违反了这一法律规定。

二、离职通知期的法律规定与实际操作

1. 法律规定：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。这一规定赋予了劳动者预告辞职的权利，但并未赋予用人单位以未提前通知为由克扣工资的权利。

2. 实际操作：在实际操作中，劳动者应尽量遵守提前通知的规定，以便用人单位有足够的时间进行工作交接等安排。然而，如果因特殊原因无法提前通知，劳动者应与用人单位协商解决，并尽量保留相关沟通记录，以避免不必要的纠纷。

三、未提前通知离职的法律后果与赔偿限制

1. 法律后果：对于未提前通知离职的行为，法律并未直接规定用人单位可以扣发工资作为惩罚。工资支付与离职通知是两个独立的法律行为，不应相互挂钩。

2. 赔偿限制：如果用人单位能够证明劳动者的离职行为给其造成了经济损失，可以要求劳动者承担相应的赔偿责任。但赔偿的金额有严格限制，即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的百分之二十，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。这意味着，即使劳动者未提前通知离职，用人单位也不能随意扣发其工资。

四、实践中的操作建议与维权途径

1. 对用人单位的建议：用人单位应严格遵守法律规定，不得随意以未提前通知离职为由扣发工资。若劳动者未提前通知离职并给单位造成损失，应通过合法途径要求赔偿，并确保赔偿金额符合法律规定的限制。

2. 对劳动者的建议：

   • 在离职时，应尽量遵守提前通知的规定，以减少不必要的纠纷。
   • 若因特殊原因无法提前通知，应与用人单位协商解决，并尽量保留相关沟通记录。
   • 如遇到用人单位以不合法条款为由拒绝支付工资，可以采取以下措施维权：
     • 首先尝试与用人单位协商，说明该条款不合法，要求其支付工资。
     • 若协商无果，可以向当地的劳动监察大队反映情况，由劳动监察部门责令用人单位支付工资。
     • 若仍无法解决，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益，要求用人单位支付拖欠的工资，并根据情况主张相应的赔偿。

综上所述，合同中规定“提前30天申请辞职不然扣工资”的条款是不合法的。如果你遇到了类似的问题，或者有任何其他关于合同纠纷、劳动工伤（工资福利）方面的疑问，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业、全面的法律解答。