在机动车交通事故责任纠纷中，若保险公司已理赔完毕且原告申请撤诉，法院通常会根据具体情况决定是否准许撤诉，具体处理规定及分析如下：

1. 法院对撤诉申请的审查原则
   根据《民事诉讼法》第148条，原告撤诉需经法院审查。法院会重点审查撤诉是否出于原告真实意思表示、是否损害他人权益或公共利益。若保险公司已全额理赔，且原告自愿撤诉，法院一般会准许；但若存在欺诈、胁迫或理赔未覆盖全部损失等情形，法院可能驳回撤诉申请。

2. 保险公司理赔完毕对撤诉的影响

   • 理赔范围覆盖全部损失：若保险公司理赔金额已完全覆盖原告的医疗费、误工费、财产损失等法定赔偿项目，且原告明确表示放弃其他诉求，法院通常会认为纠纷已实质解决，准许撤诉。
     
   • 理赔范围未覆盖全部损失：若原告存在未获赔偿的损失（如后续治疗费、伤残赔偿金等），或对理赔金额有异议，即使保险公司已部分理赔，原告撤诉后可能面临无法再次起诉的风险（因撤诉后再次起诉需符合法定条件）。此时法院可能要求原告确认撤诉后果，或建议其补充诉求后再处理。

3. 撤诉后的法律后果

   • 诉讼程序终结：撤诉申请被准许后，案件诉讼程序终止，原告不得以同一事实和理由再次起诉（但有新证据或新情况除外）。
     
   • 诉讼费用承担：根据《诉讼费用交纳办法》，撤诉案件诉讼费由原告负担，但法院可能酌情减半收取。若保险公司自愿承担部分费用，需在撤诉协议中明确约定。

4. 实务建议

   • 原告角度：撤诉前应确保理赔金额已完全覆盖损失，并保留相关证据（如理赔协议、支付凭证等）。若对理赔金额有异议，建议通过补充诉讼或协商解决，而非直接撤诉。
     
   • 被告（车主/保险公司）角度：若原告撤诉，应要求法院出具书面裁定，并确认撤诉后不再承担其他责任。若涉及保险理赔，需确保理赔协议中明确约定“原告撤诉后不得再主张权利”。

总结：保险公司理赔完毕后原告撤诉，法院是否准许需结合理赔完整性、原告真实意愿及公共利益综合判断。建议当事人在撤诉前充分评估法律后果，必要时可委托律师协助处理撤诉协议及法院沟通事宜。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。