针对“怎么起诉一人持股99%、一人持股1%的公司相关案例”这一问题，核心在于明确起诉对象、起诉事由及诉讼策略，以下分情况说明：

1. 若起诉对象是公司本身（如合同纠纷、侵权纠纷等）

• 股东持股比例不影响公司诉讼主体地位：无论股东持股比例如何，公司作为独立法人，是诉讼的适格被告。例如，若公司未履行合同义务，您可直接起诉公司，无需因股东持股比例差异调整诉讼策略。
• 关键证据：需提供合同、交易记录、侵权证据等，证明公司存在违约或侵权行为。
• 案例参考：某买卖合同纠纷中，原告起诉持股99%的大股东控股的公司，法院最终判决公司承担付款责任，与股东持股比例无关。

2. 若起诉对象是股东个人（如股东损害公司利益纠纷）

• 区分股东责任类型：
  • 一般情况：股东仅以出资额为限承担有限责任（如公司债务纠纷中，不能直接起诉股东）。
  • 例外情形：若股东存在滥用权利（如抽逃出资、关联交易损害公司利益），可依据《公司法》第20条、第21条，起诉股东承担连带责任。此时，持股比例（如99%大股东）可能成为判断其是否滥用权利的参考因素。
• 关键证据：需证明股东存在违法行为（如财务审计报告、关联交易合同等）。
• 案例参考：某案中，大股东（持股99%）通过关联交易转移公司资产，法院判决其对公司债务承担连带责任。

3. 若涉及公司决议纠纷（如股东会决议无效/撤销）

• 持股比例影响决议效力：根据《公司法》，修改公司章程、增减资等重大事项需代表2/3以上表决权的股东通过。若持股1%的股东认为决议程序违法（如未通知其参会），可起诉请求撤销决议。
• 关键证据：需提供决议文件、会议通知记录等，证明程序瑕疵。
• 案例参考：某案中，持股1%的股东因未被通知参加股东会，起诉撤销增资决议，法院支持其诉求。

4. 诉讼策略建议

• 明确诉求：先确定是起诉公司、股东，还是两者共同承担责任。
• 调查股权结构：通过工商档案、公司章程等，确认股东持股比例及实际控制情况。
• 财产保全：若担心执行问题，可申请冻结公司或股东财产（需提供担保）。

总结：起诉持股比例悬殊的公司或股东时，需根据具体纠纷类型选择被告，并重点收集证明对方违法或违约的证据。持股比例本身不决定诉讼成败，但可能影响责任认定（如股东滥用权利时）。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案例细节。