关于店铺租赁提前退租时合同中高额违约金的计算问题，这确实是一个涉及合同法和双方权益的重要事项。以下是我为您详细梳理的解答：
一、合同约定是首要依据
具体数额或计算方法：
- 首先，您需要仔细查阅租赁合同中关于提前退租违约金的条款。如果合同中明确规定了违约金的数额（如固定金额）或计算方法（如按租金比例、剩余租期租金比例等），那么您应按照该约定来支付违约金。
约定合理性的考量：
- 虽然合同约定具有优先性，但如果约定的违约金过高或过低，可能因显失公平而被法院或仲裁机构调整。因此，在签订合同时，双方应合理设定违约金标准，确保既不过高也不过低。
二、无约定或约定不明时的处理
协商解决：
- 如果合同中没有关于提前退租违约金的明确约定，或者约定不明确，双方应首先尝试通过友好协商来解决。您可以与出租方沟通，说明提前退租的原因和您的诉求，尝试达成一个双方都能接受的违约金数额。
法律途径：
- 如果协商不成，任何一方都可以选择通过法律途径解决争议。此时，法院或仲裁机构会根据实际损失情况来确定违约金的数额。这通常包括出租方因您提前退租而遭受的实际损失，如房屋空置期间的租金损失、重新招租的费用等。
三、常见违约金计算方式示例
按租金比例计算：
- 例如，合同约定提前退租需支付相当于一个月租金的违约金。如果月租金为10000元，则违约金为10000元。
按剩余租期计算：
- 例如，合同约定提前退租需支付剩余租期内所有租金的20%作为违约金。如果剩余租期为3个月，月租金为10000元，则违约金为3×10000×20%=6000元。
固定金额：
- 有些合同会直接规定一个固定的违约金金额，无论租期长短或租金多少，都按此金额执行。例如，合同约定提前退租需支付50000元违约金。
四、特殊情况下的处理
不可抗力因素：
- 如果您因不可抗力因素（如自然灾害、政府政策调整等）导致无法继续履行合同而提前退租，通常可以免除违约责任。但您需要提供相关证明文件，并与出租方协商解决后续事宜。
出租方过错：
- 如果出租方存在过错（如提供的房屋不符合约定条件、擅自提高租金等），导致您提前退租，您可以要求减免违约金或追究出租方的违约责任。
五、建议与注意事项
- 在签订租赁合同时，双方应仔细阅读合同条款，确保明确违约金的数额或计算方法。
- 如因特殊原因需要提前退租，您应尽早与出租方沟通并寻求解决方案，以避免不必要的纠纷。
- 若协商不成，双方可通过法律途径解决争议。届时，法院会根据具体事实和证据来判定是否支持减免诉求或违约金的支付。
综上所述，店铺租赁提前退租时合同中高额违约金的计算方式需根据租赁合同的约定及实际情况来确定。双方应优先通过协商解决争议，并在签订合同时尽量明确违约金的数额或计算方法，以减少后续纠纷的发生。希望这些解答能对您有所帮助。