民事赔偿调解书与协议书在法律性质、制作主体、法律效力及执行方式上均存在显著区别，以下从这几个方面为你详细阐述：
一、法律性质
民事赔偿调解书：
- 定义：民事赔偿调解书是人民法院在审理民事案件过程中，根据当事人自愿和合法的原则，在事实清楚、分清是非的基础上，通过调解方式促使双方当事人达成协议后，由法院制作的具有法律效力的文书。
- 性质：它属于司法文书的一种，具有强制执行力，即一旦一方不履行调解书中的义务，另一方可以直接向法院申请强制执行。
协议书：
- 定义：协议书是双方或多方当事人之间，为了明确各自的权利和义务，经过协商一致后达成的书面协议。
- 性质：它属于民事合同的一种，主要依赖于当事人的自觉履行。如果一方不履行协议书中的义务，另一方通常需要先通过诉讼或仲裁等方式确认协议效力，并获得执行依据后，才能向法院申请强制执行。
二、制作主体
民事赔偿调解书：
- 制作主体：由人民法院制作。在调解过程中，法院会主持双方当事人进行协商，并在达成协议后，根据协议内容制作调解书。
协议书：
- 制作主体：由双方或多方当事人自行制作。当事人可以根据自己的需求和意愿，协商确定协议的内容，并自行签署。
三、法律效力
民事赔偿调解书：
- 法律效力：具有与判决书同等的法律效力。一旦调解书送达双方当事人并签收，即产生法律效力，双方必须履行。如果一方不履行，另一方可以直接向法院申请强制执行。
协议书：
- 法律效力：协议书在双方签署后即产生法律效力，但主要依赖于当事人的自觉履行。如果一方不履行，另一方需要通过法律途径来维护自己的权益，如提起诉讼或申请仲裁等。
四、执行方式
民事赔偿调解书：
- 执行方式：如果一方不履行调解书中的义务，另一方可以直接向法院申请强制执行。法院会根据调解书的内容，采取相应的执行措施，如查封、扣押、冻结财产等。
协议书：
- 执行方式：如果一方不履行协议书中的义务，另一方需要先通过诉讼或仲裁等方式获得执行依据（如判决书、裁决书等），然后才能向法院申请强制执行。
举例说明：
假设甲和乙因交通事故产生纠纷，双方在法院的主持下达成调解协议，约定甲赔偿乙一定金额的医疗费、误工费等。法院根据这个协议制作了民事赔偿调解书，并送达双方签收。如果甲后来不履行调解书中的义务，乙可以直接向法院申请强制执行。
而如果甲和乙是在私下协商后达成了一份赔偿协议书，约定了相同的赔偿内容和金额。但如果甲后来不履行这份协议书中的义务，乙就需要先向法院提起诉讼或申请仲裁，获得执行依据后，才能向法院申请强制执行。
总结与建议：
民事赔偿调解书与协议书在法律性质、制作主体、法律效力及执行方式上均存在显著区别。在选择使用哪种文书时，应根据具体情况和需求进行考虑。如果希望获得更强的法律保障和执行力，建议选择民事赔偿调解书；如果双方信任度较高，且希望更灵活地处理纠纷，可以选择协议书。但无论选择哪种方式，都应确保协议内容合法、明确、具体，并尽可能保留相关证据以备不时之需。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。