电子签章的协议电子版和打印版在法律效力上并无本质差异，均具有同等的法律效力。不过，具体效力可能会受到以下因素的影响，我从不同角度为你详细分析：
一、法律认可度
电子版协议：根据《中华人民共和国电子签名法》的相关规定，只要电子签章满足法律规定的条件（如能够可靠地识别签名人身份、表明签名人认可内容等），电子版协议就具有与手写签名或盖章同等的法律效力。这意味着，在符合法律要求的情况下，电子版协议在法律上是被认可的。
打印版协议：打印版协议作为传统的书面形式，其法律效力在法律上也是被明确认可的。只要打印版协议上的签名或盖章是真实的，且协议内容合法合规，那么打印版协议就具有法律效力。
二、证据效力
电子版协议：在诉讼或仲裁中，电子版协议可以作为电子数据证据提交。然而，为了确保其证据效力，需要满足一定的条件，如能够证明电子签章的真实性、完整性以及未被篡改等。这通常需要通过专业的电子证据鉴定或公证等方式来实现。
打印版协议：打印版协议作为书面证据，其证据效力在法律上通常更容易被认可。因为书面证据具有直观性、稳定性和可复制性等特点，更容易被法庭或仲裁机构接受。不过，如果打印版协议存在伪造、篡改等情形，其证据效力也会受到影响。
三、实际应用中的注意事项
保存与备份：无论是电子版协议还是打印版协议，都需要妥善保存和备份。对于电子版协议，建议采用可靠的电子存储方式，并定期进行备份；对于打印版协议，则建议存放在安全、干燥的地方，并避免折叠、污损等。
签名或盖章的真实性：无论是电子版还是打印版协议，都需要确保签名或盖章的真实性。对于电子版协议，可以通过数字证书、时间戳等技术手段来验证签名的真实性；对于打印版协议，则需要通过比对签名样本、询问签名人等方式来验证签名的真实性。
协议内容的合法性：无论采用哪种形式的协议，都需要确保协议内容的合法性。如果协议内容违反法律法规或公序良俗，那么无论其形式如何，都将被视为无效协议。
四、特殊情况下的效力差异
在某些特殊情况下，电子版协议和打印版协议的效力可能会存在差异。例如，如果法律、行政法规规定或者当事人约定采用书面形式订立合同，而当事人未采用书面形式但一方已经履行主要义务且对方接受的，该合同仍然成立。然而，在这种情况下，如果当事人之间因合同履行发生争议并诉诸法律时，电子版协议可能因其易于篡改、难以证明真实性等特点而面临更大的举证难度。
总结与建议：
电子签章的协议电子版和打印版在法律效力上并无本质差异。然而，在实际应用中，你需要根据具体情况选择合适的协议形式，并确保签名或盖章的真实性、协议内容的合法性以及妥善保存和备份协议。如果你对电子签章或协议的法律效力有任何疑问或担忧，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。