中介机构按奖补资金比例收费是否合法，需分情况讨论：

1. 若合同中有明确约定：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方意思表示一致的协议，只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是合法有效的。因此，如果中介机构与委托人在合同中明确约定了按照奖补资金比例收费，且该约定不违反相关法律法规，那么这种收费方式就是合法的。
   • 举例：假设甲乙双方签订了一份中介服务合同，约定甲为乙提供某项服务，乙在获得奖补资金后，按照奖补资金的一定比例支付给甲作为服务费。如果这份合同是双方自愿签订，且内容合法，那么甲按照约定收取服务费就是合法的。

2. 若合同中没有明确约定，但双方事后达成一致：

   • 如果合同中没有明确约定按照奖补资金比例收费，但双方在事后通过协商达成了一致意见，并签订了补充协议或者以其他方式确认了这种收费方式，那么这种收费方式也是合法的。因为双方通过协商达成了新的合意，且该合意不违反法律法规。

3. 若合同中没有明确约定，且双方事后未达成一致：

   • 如果合同中没有明确约定按照奖补资金比例收费，且双方在事后也未能达成一致意见，那么中介机构单方面按照奖补资金比例收费就是不合法的。因为这种行为缺乏合同依据，且可能损害委托人的利益。
   • 法律后果：在这种情况下，委托人有权拒绝支付按照奖补资金比例计算的服务费，并有权要求中介机构退还已收取的不合理费用。如果中介机构坚持要求支付，委托人可以通过法律途径维护自己的合法权益。

额外建议：

• 在签订中介服务合同时，双方应明确约定服务内容、服务费用及支付方式等关键条款，以避免后续产生纠纷。
• 如果中介机构提出按照奖补资金比例收费的要求，委托人应仔细审查合同条款，并咨询专业律师的意见，以确保自己的权益不受损害。
• 如果双方在合同履行过程中产生纠纷，应首先通过协商解决；协商不成的，可以依法向人民法院提起诉讼或者申请仲裁。

总结：中介机构按奖补资金比例收费是否合法，取决于合同中的约定以及双方事后的协商情况。在签订合同时，双方应明确约定相关条款；在合同履行过程中，双方应遵守合同约定，并通过协商解决可能产生的纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。