员工自离公司不发工资是违法的。以下从多个角度为你详细分析：
法律依据
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一规定明确了用人单位必须按时足额支付劳动者工资的义务，无论劳动者是否离职，其应得的工资都应得到保障。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这进一步强调了用人单位支付工资的义务，且支付需及时足额。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条：用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
- 未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；
- 低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
- 安排加班不支付加班费的；
- 解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。
违法性分析
- 工资与离职方式无关：员工自离虽然可能违反了公司的规章制度或劳动合同的约定，但这并不构成用人单位不支付工资的理由。工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，是基于劳动关系和劳动付出产生的，与劳动者的离职方式无关。例如，小李在公司工作了半个月后自离，这半个月他正常提供了劳动，公司就应当支付这半个月的工资。
- 未办理离职手续不影响工资支付：即使员工未按照公司规定办理离职手续，用人单位也不能以此为由拒绝支付工资。因为工资支付是基于劳动关系和劳动付出，而非离职手续的完成情况。比如，小张没有办理离职交接就离开了公司，但公司不能因此就不发他工作期间的工资。
- 经济损失赔偿与工资支付区分：如果劳动者自动离职给用人单位造成了经济损失，根据相关规定，用人单位可以要求劳动者赔偿经济损失。但这一赔偿与支付劳动者应得工资是两个不同的法律关系，不能混为一谈，也不能以此为由拒绝支付工资。经济损失的赔偿可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。
违法后果
如果用人单位以员工自离为由拒绝支付工资，将面临以下法律后果：
- 劳动行政部门处罚：由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。
- 民事赔偿责任：员工有权通过劳动仲裁或诉讼途径要求用人单位支付拖欠的工资及相应的赔偿金。
- 刑事责任风险：在极端情况下，如果用人单位的欠薪行为构成犯罪（如拒不支付劳动报酬罪），相关责任人员还可能面临刑事处罚。
建议措施
- 对于用人单位：
- 应建立健全的工资支付制度，确保按时足额支付劳动者工资。
- 在处理员工自离问题时，应遵循法律法规和劳动合同的规定，妥善处理工资支付事宜。
- 加强与员工的沟通与交流，了解员工的需求和想法，减少因误解或矛盾导致的自离现象。
- 对于劳动者：
- 如遇到用人单位以自离为由拒绝支付工资的情况，应及时收集并保留相关证据（如工作记录、考勤表、工资条等）。
- 向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。