结论：公司因员工迟到进行罚款是否合法，需分情况讨论，主要取决于公司罚款的依据、程序及罚款金额是否符合法律规定。

1. 公司是否有权罚款？
   根据我国《劳动法》和《劳动合同法》，用人单位并非行政机关，不具有行政处罚权，因此原则上不能直接对员工进行罚款。但实践中，公司常通过规章制度对员工进行管理，若规章制度中明确规定了迟到等违纪行为的处理方式（如扣减绩效工资、奖金等），且该制度经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）、已向员工公示或告知，则可能被认定为合法。

2. 罚款的合法性边界

   • 依据合法：公司需在劳动合同或规章制度中明确约定“迟到扣款”条款，且条款内容不违反法律强制性规定（如不得约定“迟到一次扣全天工资”）。
     
   • 程序合法：规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论、协商确定），并已向员工公示或送达（如签字确认、邮件通知）。
     
   • 金额合理：即使规章制度合法，扣款金额也不得超过法定标准。根据《工资支付暂行规定》，因员工本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。若公司以“迟到罚款”名义直接扣减工资，可能被认定为违法。

3. 实践中的常见情形

   • 合法情形：公司规章制度明确规定“迟到30分钟以内扣绩效分，不影响基本工资”，且该制度已履行民主程序并公示，此时扣减绩效分（非直接罚款）可能被认定为合法管理行为。
     
   • 违法情形：公司未制定规章制度，或规章制度未公示，或直接规定“迟到一次扣100元”（超过工资比例），或以罚款名义变相克扣工资，均可能被认定为违法，员工可要求公司补发工资或向劳动监察部门投诉。

建议：

• 若公司以“迟到罚款”为由扣减工资，员工可先核对公司规章制度是否合法（如是否经民主程序制定、是否公示、扣款金额是否合理）。
  
• 若规章制度违法或扣款金额超标，员工可向公司提出异议，要求补发工资；若公司拒绝，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。
  
• 公司若需规范管理，建议通过调整绩效工资、奖金等间接方式约束员工行为，而非直接罚款。
  

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