农村房屋确权时面积超出，是否需要补缴费用及合法解决途径需分情况讨论，具体如下：

1. 因历史遗留问题导致的面积超出
   若房屋建设时间较早（如2008年《城乡规划法》实施前），且超出部分符合当时政策或地方惯例（如因家庭人口增加、分户等合理需求扩建），通常无需补缴费用。但需提供相关证明材料（如村委会证明、建房审批手续等），经自然资源部门核实后，可按实际面积确权登记。
   法律依据：根据《自然资源部关于加快宅基地和集体建设用地使用权确权登记发证工作的通知》，对历史遗留问题应“依法依规、稳妥有序”处理，避免“一刀切”拆除或罚款。

2. 因违规建设导致的面积超出
   若房屋超出部分属于未批先建、超占宅基地面积标准（如各省规定的宅基地面积上限，通常为120-200平方米/户），或违反土地利用总体规划（如占用基本农田），则需分情况处理：

   • 补缴费用：部分地区允许通过补缴土地有偿使用费、耕地开垦费等方式合法化超出部分，费用标准由地方政府制定（如每平方米数十元至数百元不等）。
     
   • 限期整改：若超出部分可拆除（如附属房、阳台等），需按要求整改后确权；若无法拆除（如主体结构超占），可能仅对合规部分确权，超出部分不予登记。
     
   • 行政处罚：严重违规（如恶意侵占集体土地）可能面临罚款、没收违法所得等处罚，但确权时仍以合规部分为准。
     法律依据：《土地管理法》第七十七条、第七十八条规定，对违规占地行为可责令退还土地、限期拆除或没收，但未明确规定确权时必须补缴费用，具体由地方政策细化。

3. 合法解决途径

   • 申请补办手续：若因未审批导致超建，可向乡镇政府申请补办《乡村建设规划许可证》或《宅基地使用权证》，经公示无异议后确权。
     
   • 协商调整：与村委会协商，通过分户、置换宅基地等方式将超出部分合法化（如将超占部分转让给同村无宅基地村民）。
     
   • 行政复议或诉讼：若对确权结果有异议（如认为处罚过重、程序违法），可向上级自然资源部门申请行政复议，或直接向法院提起行政诉讼。
     操作建议：优先通过村委会协调，保留建房时间、用途、家庭人口等证据，避免因强制拆除导致损失扩大。

总结：面积超出是否需补缴费用，取决于超建原因、地方政策及整改可能性。建议先向当地自然资源部门咨询具体政策，再根据情况选择补办手续、协商整改或法律途径解决。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。