结论：二人有限公司法人给另一股东的投资款打了借条，是否能作为公司债务，需根据具体情况判断，一般情况下不能直接认定为公司债务，但特定条件下可能被视为公司债务或需承担连带责任。以下从不同角度进行分析：
一、借条性质与债务归属
个人借款行为：
- 如果法人以个人名义出具借条，且借款资金未进入公司账户，也未用于公司经营，那么这笔借款应视为法人的个人债务，与公司无关。
- 在这种情况下，另一股东只能向法人个人追偿，而不能要求公司承担还款责任。
公司借款行为：
- 如果法人虽然以个人名义出具借条，但借款资金实际进入了公司账户，并用于公司经营，那么这笔借款可能被视为公司债务。
- 然而，要证明这一点，需要充分的证据，如银行转账记录、公司财务记录、借款用途说明等。
二、公司法人与股东的关系
法人代表行为：
- 法人作为公司的代表，其行为通常代表公司。但是，当法人以个人名义进行借款时，除非有明确证据表明该借款是用于公司，否则不能直接视为公司行为。
- 如果法人滥用职权，以个人名义借款用于个人消费或非法活动，那么这不仅不能视为公司债务，法人还可能因此承担法律责任。
股东责任：
- 股东对公司债务的承担是有限的，通常只限于其出资额。但是，如果股东与公司之间存在财产混同、业务混同等情况，可能被视为“刺破公司面纱”，股东需对公司债务承担连带责任。
- 在本题中，如果另一股东能够证明法人借款实际上是为了公司利益，且公司因此受益，那么在某些情况下，可能要求公司承担还款责任，但这需要严格的法律程序和证据支持。
三、法律建议与风险防范
明确借款主体：
- 在借款时，应明确借款主体是公司还是法人个人。如果是公司借款，应使用公司账户接收借款，并签订正式的借款合同。
- 如果是法人个人借款，应明确借款用途，并避免将借款资金用于公司经营，以减少法律风险。
保留证据：
- 无论是公司借款还是法人个人借款，都应保留充分的证据，如借条、银行转账记录、借款用途说明等。
- 这些证据在后续可能发生的纠纷中至关重要，能够证明借款的性质和用途。
咨询专业律师：
- 在涉及公司债务和股东责任的问题上，法律关系复杂且多变。因此，在借款前或发生纠纷时，应及时咨询专业律师，以获取准确的法律意见和风险防范建议。
总结：二人有限公司法人给另一股东的投资款打了借条，是否能作为公司债务，需根据借款的性质、用途以及证据情况来判断。在一般情况下，不能直接认定为公司债务，但特定条件下可能被视为公司债务或需承担连带责任。因此，在处理此类问题时，应谨慎行事，并咨询专业律师以获取准确的法律意见。