在批捕阶段，如果发现案件中有两人是老板（即可能存在共同犯罪或主从犯的情况），这并不影响批捕的合法性和正当性，但确实需要在后续的刑事辩护中对此进行细致的分析和应对。以下是从不同角度对此问题的详细解答：
一、批捕阶段的法律性质
批捕是刑事诉讼中的一个重要环节，它标志着侦查机关认为犯罪嫌疑人有足够的证据证明其涉嫌犯罪，且可能判处徒刑以上刑罚，需要采取逮捕措施以确保诉讼的顺利进行。在批捕阶段，侦查机关会向检察机关提交批捕申请，检察机关在审查后作出是否批准逮捕的决定。因此，批捕的决定是基于证据和法律的，与犯罪嫌疑人的身份（如是否为老板）无直接关联。
二、共同犯罪与主从犯的认定
共同犯罪：如果案件中涉及多人共同实施犯罪行为，那么这些人就构成了共同犯罪。在共同犯罪中，每个人都要对自己的犯罪行为负责，同时也要对共同犯罪的整体后果负责。
主从犯的认定：在共同犯罪中，根据犯罪嫌疑人在犯罪中的作用和地位，可以将其分为主犯和从犯。主犯是组织、领导犯罪集团进行犯罪活动或者在共同犯罪中起主要作用的人；从犯则是在共同犯罪中起次要或者辅助作用的人。如果两人被认定为老板，且他们在犯罪中起主要作用，那么他们很可能被认定为主犯。
三、批捕阶段发现两人是老板的影响
对批捕决定的影响：如前所述，批捕的决定是基于证据和法律的，与犯罪嫌疑人的身份无直接关联。因此，即使发现两人是老板，也不会直接影响批捕的决定。但是，如果这两人的身份意味着他们在犯罪中起主要作用，那么这可能会成为侦查机关和检察机关在审查批捕时考虑的一个因素。
对后续刑事辩护的影响：在后续的刑事辩护中，如果两人被认定为主犯，那么他们将面临更重的刑事责任。因此，作为辩护律师，我需要深入分析案件证据，寻找可能的辩护点，如证据不足、犯罪情节轻微、有自首或立功表现等，以争取为当事人争取更轻的刑罚或无罪判决。
四、应对策略与建议
深入分析案件证据：作为辩护律师，我需要仔细审查案件的所有证据，包括物证、书证、证人证言等，以了解案件的全貌和当事人的具体行为。
寻找辩护点：根据案件证据和法律规定，寻找可能的辩护点，如证据不足、犯罪情节轻微、有自首或立功表现等。
与检察机关沟通：在批捕阶段或后续阶段，与检察机关进行积极沟通，阐述当事人的立场和辩护意见，争取检察机关的理解和支持。
准备庭审辩护：如果案件进入庭审阶段，需要充分准备庭审辩护，包括撰写辩护词、准备证据材料等，以维护当事人的合法权益。
总之，在批捕阶段发现两人是老板并不意味着他们一定会被批捕或面临更重的刑事责任。作为辩护律师，我将根据案件证据和法律规定，为当事人提供全面的法律辩护，争取最佳的法律结果。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。