国家扶持民营企业改造资金被贪污，查出来后一般会退还民营企业，但具体还需根据案件情况和法律程序来确定。以下是对此问题的详细分析：

一、贪污资金的法律性质与追回

1. 贪污资金的性质：

   • 国家扶持民营企业改造资金属于公共财产或特定用途的资金，其被贪污构成对公共财产或国家利益的侵害。

2. 追回机制：

   • 一旦贪污行为被查实，司法机关会依法追缴赃款赃物。这包括直接追回被贪污的资金，以及通过拍卖、变卖贪污所得财物等方式变现后追回资金。
   • 追回的资金通常会返还给原所有者或受害者，即民营企业。这是基于保护公共财产和国家利益的原则，以及恢复被贪污行为破坏的经济秩序和社会公平。

二、退还民营企业的法律程序与保障

1. 刑事诉讼程序：

   • 在贪污案件的刑事诉讼过程中，司法机关会依法对贪污行为进行调查、审判，并作出相应的刑事判决。
   • 如果判决认定贪污行为成立，并确定了贪污金额，那么司法机关会依法追缴赃款赃物，并返还给民营企业。

2. 民事赔偿与追偿：

   • 除了刑事诉讼外，民营企业还可以通过民事诉讼途径要求贪污者或相关责任人赔偿损失。
   • 如果贪污者或相关责任人无力赔偿或拒不赔偿，民营企业可以申请法院强制执行，通过查封、扣押、拍卖等措施变现其财产以赔偿损失。

3. 法律保障：

   • 我国法律对公共财产和国家利益的保护有明确规定，如《中华人民共和国刑法》对贪污罪的处罚规定，以及《中华人民共和国刑事诉讼法》对赃款赃物追缴和返还的规定。
   • 这些法律规定为民营企业追回被贪污的资金提供了有力的法律保障。

三、可能面临的挑战与应对

1. 贪污资金去向不明：

   • 如果贪污资金已被转移、隐匿或挥霍，追回工作可能会面临困难。此时，司法机关会依法展开调查，尽力追回资金。
   • 民营企业可以积极配合司法机关的调查工作，提供线索和证据，协助追回资金。

2. 贪污者无力赔偿：

   • 如果贪污者无力赔偿损失，民营企业可能会面临无法全额追回资金的风险。此时，民营企业可以考虑通过其他途径寻求补偿，如申请国家赔偿（如果符合相关条件）或寻求其他社会救助。
   • 同时，民营企业也可以加强内部管理，完善资金监管机制，防止类似事件再次发生。

四、建议与措施

1. 加强法律意识：

   • 民营企业应加强对国家扶持资金相关法律法规的学习和理解，确保资金使用的合法性和合规性。

2. 完善内部管理：

   • 民营企业应建立健全内部管理机制，加强对资金使用的监管和审计，防止资金被贪污或挪用。

3. 积极配合司法机关：

   • 一旦发现资金被贪污，民营企业应立即向司法机关报案，并积极配合调查工作，提供线索和证据，协助追回资金。

4. 寻求法律援助：

   • 在追回资金过程中遇到法律难题或需要专业法律支持时，民营企业可以寻求专业律师的帮助，确保自身权益得到充分保护。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和指导。