结论：夜间小区保安以业主未在物业登记车牌号码为由拒绝入内，这一行为是否合法，需结合具体情况及相关法律规定来判断，一般情况下，若小区有合理的管理规定且已提前告知业主，该行为可能合法；但若规定不合理或未提前告知，则可能不合法。以下从不同角度进行分析：
一、从小区管理规定角度
合理管理规定且已告知：
- 小区作为业主共同生活的区域，为了维护小区的安全和秩序，物业有权制定合理的管理规定，包括车辆进出管理。
- 如果小区的管理规定中明确要求业主需在物业登记车牌号码，以便进行车辆进出管理，并且这一规定已经通过合理的方式（如公告、业主大会等）提前告知了业主，那么保安在夜间拒绝未登记车牌的业主入内，可以视为是在执行合理的管理规定。
管理规定不合理或未告知：
- 如果小区的管理规定关于车牌登记的要求过于苛刻或不合理，比如要求业主频繁更新登记信息、设置不合理的登记流程等，这可能侵犯了业主的合法权益。
- 另外，如果小区的管理规定并未通过合理的方式提前告知业主，业主在不知情的情况下被拒绝入内，那么这一行为可能构成对业主权益的侵犯。
二、从法律角度
《物业管理条例》相关规定：
- 根据《物业管理条例》的相关规定，物业服务企业应当按照物业服务合同的约定，提供相应的服务，包括维护小区的安全和秩序。
- 如果物业服务合同中明确约定了车辆进出管理的相关条款，并且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么物业有权按照合同约定执行。
业主的合法权益：
- 业主作为小区的所有权人或使用权人，享有进出小区的合法权益。
- 物业在执行管理规定时，应当尊重业主的合法权益，不得无故拒绝业主入内或设置不合理的障碍。
三、实际操作建议
对于业主：
- 如果遇到保安以未登记车牌为由拒绝入内的情况，可以先与保安沟通，了解具体原因和小区的管理规定。
- 如果认为小区的管理规定不合理或未提前告知，可以向物业提出异议，并要求物业提供合理的解释和解决方案。
- 如果物业拒绝解决或解决方案不合理，业主可以向相关部门（如房管局、物业协会等）投诉或寻求法律帮助。
对于物业：
- 物业在制定管理规定时，应当充分考虑业主的合法权益和小区的实际情况，确保规定合理、可行。
- 物业应当通过合理的方式提前告知业主管理规定的内容，确保业主知情并遵守。
- 在执行管理规定时，物业应当尊重业主的合法权益，避免无故拒绝业主入内或设置不合理的障碍。
总结来说，夜间小区保安以业主未在物业登记车牌号码为由拒绝入内是否合法，需结合小区的管理规定、物业服务合同以及相关法律法规来判断。如果小区有合理的管理规定且已提前告知业主，该行为可能合法；但若规定不合理或未提前告知，则可能不合法。业主和物业在处理此类问题时，应当相互尊重、沟通协商，共同维护小区的安全和秩序。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。