结论：银行贷款逾期后，法院是否会查封您的灾后重建自建房，取决于多个因素，包括贷款的性质、房屋的产权状况、是否设定了抵押以及法院的具体执行措施等。以下从不同角度为您详细分析：
贷款性质与抵押情况：
- 如果您的银行贷款是抵押贷款，且灾后重建自建房作为抵押物，那么在您逾期未还款的情况下，银行作为抵押权人有权向法院申请查封并拍卖该房屋以实现其债权。这是基于《民法典》中关于抵押权的规定，抵押权人在债务人不履行到期债务或者发生当事人约定的实现抵押权的情形时，有权就抵押财产优先受偿。
- 如果您的贷款是信用贷款，没有设定抵押，那么银行通常不能直接查封您的房屋。但是，银行可以通过法律途径起诉您，要求您还款。如果您在法院判决后仍不履行还款义务，银行可以申请法院强制执行，此时法院可能会查封您名下的其他财产，包括但不限于银行账户、车辆等，但在一般情况下，不会直接查封您唯一的居住用房，尤其是灾后重建的自建房，这涉及到基本居住权的保障问题。不过，如果法院认为您有其他可供执行的财产而故意隐藏或转移，或者该房屋并非您唯一的居住用房，那么法院也有可能采取查封措施。
房屋产权状况：
- 如果灾后重建自建房的产权清晰，且完全属于您个人所有，那么上述分析适用。
- 如果房屋产权存在争议，或者您只是部分产权人，那么法院在查封前会进行更复杂的权属审查，以确保不会损害其他产权人的合法权益。
法院执行措施与人文关怀：
- 在执行过程中，法院会遵循比例原则和人文关怀原则，尽量平衡债权人的利益和债务人的基本生活需求。对于灾后重建的自建房，法院可能会更加谨慎地考虑查封措施，以免给债务人及其家庭带来过大的生活困难。
- 如果您确实面临还款困难，可以主动与银行协商，寻求延期还款、分期还款或者债务重组等解决方案。同时，也可以向法院申请执行和解，通过达成和解协议来避免房屋被查封。
建议：
- 鉴于您目前的情况，我建议您首先与银行沟通，说明您的还款困难和灾后重建的特殊情况，尝试达成一个双方都能接受的还款协议。
- 如果沟通无果，您可以咨询专业律师（即我本人），了解您的法律权益和可能的法律后果，以便更好地应对可能的法律纠纷。
- 在任何情况下，都不要忽视银行的还款要求或法院的判决，以免给自己带来更大的法律风险和经济损失。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。