结论：上班玩手机被罚款1000元是否合法，需分情况讨论，主要取决于用人单位的性质、规章制度内容及程序合法性等因素。具体分析如下：

1. 若用人单位为非行政机关或非法律法规授权组织
   根据《行政处罚法》第十七条，行政处罚由具有行政处罚权的行政机关在法定职权范围内实施，非行政机关或未经法律法规授权的组织无权设定或实施罚款。因此：

   • 若用人单位为普通企业，其规章制度中规定“上班玩手机罚款1000元”属于无效条款，员工有权拒绝缴纳，且用人单位不得以此为由克扣工资或解除劳动合同。
     
   • 若用人单位已通过民主程序（如职工代表大会讨论）制定规章制度，且内容不违反法律强制性规定（如罚款金额未超过合理范围），但普通企业仍无权罚款，只能通过警告、绩效扣分等方式管理。

2. 若用人单位为行政机关或法律法规授权组织
   根据《行政处罚法》第九条，行政机关可依法设定警告、罚款等处罚种类。若员工属于公务员或参照公务员管理的事业单位工作人员，其上班玩手机行为可能违反《公务员法》或单位内部纪律规定，此时：

   • 罚款1000元需有明确的法律依据（如地方性法规或部门规章），且需符合“过罚相当”原则（即罚款金额与违纪行为严重程度匹配）。
     
   • 若无法律依据或程序违法（如未告知员工处罚理由、未听取陈述申辩），员工可申请行政复议或提起行政诉讼。

3. 用人单位以“罚款”名义克扣工资的合法性
   根据《工资支付暂行规定》第十六条，因员工本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%。若：

   • 上班玩手机未导致经济损失，用人单位无权克扣工资；
     
   • 即使造成损失，克扣1000元也需满足“当月工资20%”的限额（如员工月工资5000元，最多扣1000元；若月工资3000元，则最多扣600元）。

建议：

• 若您为普通企业员工，可要求用人单位出示罚款的法律依据或规章制度，若无法提供，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；
  
• 若您为公务员或参照管理人员，可先通过单位内部申诉渠道解决，必要时申请行政复议；
  
• 无论何种情况，均需保留工资条、罚款通知等证据，以便维权。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的应对策略。