结论：邻居建新房要封了农村几十年一直存在的小水渠，这一行为是否合法不能一概而论，需要结合具体情况和相关法律规定来判断。
分析角度一：水渠的权属与用途
若水渠属于公共设施或集体所有：
- 根据《中华人民共和国民法典》中关于相邻关系的规定，不动产的相邻权利人应当按照有利生产、方便生活、团结互助、公平合理的原则，正确处理相邻关系。如果水渠是用于灌溉、排水等公共用途，且对周边农户的生产生活有重要影响，那么邻居擅自封堵水渠可能侵犯了其他农户的相邻权，是不合法的。
- 在这种情况下，受影响的农户可以与邻居协商，要求其恢复水渠的原状或提供合理的解决方案。如果协商不成，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，或者直接向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
若水渠属于邻居个人所有或使用：
- 如果水渠是邻居在其宅基地范围内自行修建，且仅供其个人使用，那么邻居在符合相关规划和建设要求的前提下，有权对其进行改造或封堵。但需要注意的是，即使水渠属于邻居个人所有，如果其改造或封堵行为对周边农户造成了实质性的损害或影响，如导致排水不畅、农田受淹等，那么邻居仍然可能需要承担相应的法律责任。
分析角度二：建设规划与审批
- 邻居建新房是否经过了合法的规划审批手续，也是判断其封堵水渠行为是否合法的重要因素。如果邻居在未取得相关建设许可的情况下擅自建房并封堵水渠，那么其行为不仅可能违反了建设规划方面的法律法规，还可能对周边环境造成不良影响。
- 在这种情况下，受影响的农户可以向当地规划部门或建设主管部门举报邻居的违法行为，并要求相关部门进行调查处理。如果邻居的行为确实违反了相关法律法规，那么相关部门有权责令其停止违法行为、恢复原状或采取其他补救措施。
建议与行动指南：
- 收集证据：首先，你需要收集关于水渠存在、用途以及邻居封堵行为的相关证据，如照片、视频、证人证言等。这些证据将有助于你后续与邻居协商或向相关部门投诉时证明自己的权益。
- 与邻居协商：在收集到足够证据后，你可以尝试与邻居进行友好协商，表达你的关切和诉求，并寻求双方都能接受的解决方案。
- 寻求法律援助：如果协商不成，你可以考虑向当地法律援助机构或律师寻求帮助，了解自己的法律权益和可行的维权途径。
- 向相关部门投诉：如果邻居的行为确实违反了相关法律法规或建设规划要求，你可以向当地规划部门、建设主管部门或环保部门等相关部门进行投诉举报。
后续思考：在处理此类纠纷时，除了关注法律层面的规定外，还需要考虑邻里关系的和谐与稳定。因此，在采取法律行动之前，建议尽量通过协商、调解等非诉讼方式解决纠纷，以维护良好的邻里关系。如果仍有问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。