棚改小区分批次交房在符合相关法律法规和合同约定的情况下是合法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律法规角度
《中华人民共和国民法典》的相关规定：
- 根据《民法典》中关于合同履行的原则，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。如果棚改项目的开发方与购房者（或回迁户）在合同中明确约定了分批次交房的条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，那么分批次交房是合法的。
- 同时，《民法典》也规定了合同变更和解除的情形。如果因不可抗力或双方协商一致等原因需要变更交房批次或时间，且符合法律规定的程序，那么这种变更也是合法的。
其他相关法律法规：
- 除了《民法典》外，还有《城市房地产管理法》等法律法规对房地产开发和销售进行了规范。但这些法律法规主要关注的是房地产开发企业的资质、土地使用、规划许可等方面，对于交房批次的具体规定并不多。因此，在判断棚改小区分批次交房是否合法时，主要依据还是合同约定和《民法典》的相关规定。
二、合同约定角度
合同内容的合法性：
- 棚改项目的开发方与购房者（或回迁户）在签订合同时，应当明确约定交房的时间、批次、条件等条款。如果这些条款是双方真实意思的表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，那么这些条款就是合法的。
- 如果合同中明确约定了分批次交房，且购房者（或回迁户）在签订合同时对此表示同意，那么开发方按照合同约定分批次交房就是合法的。
合同履行的灵活性：
- 在实际履行过程中，由于各种原因（如施工进度、资金状况等）可能导致开发方无法按照原定计划一次性交房。此时，如果双方能够协商一致并签订补充协议对交房批次进行调整，那么这种调整也是合法的。
三、实际操作角度
分批次交房的合理性：
- 棚改项目通常涉及大量的回迁户和购房者，且项目规模较大、施工周期较长。因此，在实际操作中，开发方可能会根据施工进度、资金状况等因素选择分批次交房。这种做法在一定程度上可以缓解开发方的资金压力，同时也有利于购房者（或回迁户）分批入住、减少等待时间。
购房者（或回迁户）的权益保障：
- 虽然分批次交房在符合法律法规和合同约定的情况下是合法的，但开发方在交房过程中仍需确保购房者（或回迁户）的合法权益不受侵害。例如，开发方应当按照合同约定的标准和质量进行交房，不得擅自降低标准或减少配套设施；同时，开发方还应当及时办理房屋产权登记等相关手续，确保购房者（或回迁户）能够顺利取得房屋所有权。
四、可能存在的风险及建议
风险：
- 如果开发方未经购房者（或回迁户）同意擅自变更交房批次或时间，或者未按照合同约定的标准和质量进行交房，那么购房者（或回迁户）有权要求开发方承担违约责任并赔偿损失。
- 此外，如果开发方因资金链断裂等原因导致无法继续施工或交房，那么购房者（或回迁户）可能面临无法按时入住或无法取得房屋所有权的风险。
建议：
- 对于购房者（或回迁户）而言，在签订合同时应当仔细阅读合同条款并了解交房批次、时间、条件等相关内容；在交房过程中应当及时验收房屋并保留相关证据；如果发现开发方存在违约行为或侵害自身权益的情况，应当及时向相关部门投诉或寻求法律援助。
- 对于开发方而言，在签订合同时应当明确约定交房批次、时间、条件等条款并确保购房者（或回迁户）对此表示同意；在交房过程中应当按照合同约定的标准和质量进行交房并及时办理相关手续；如果因特殊原因需要变更交房批次或时间，应当及时与购房者（或回迁户）协商一致并签订补充协议。
总结来说，棚改小区分批次交房在符合相关法律法规和合同约定的情况下是合法的。但无论是开发方还是购房者（或回迁户），在交房过程中都应当确保对方的合法权益不受侵害，并遵循诚实信用原则履行各自的义务。如果您在棚改小区交房过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。