若通过第三人转账后对方不认，可先尝试与对方协商沟通，若协商不成，可通过收集证据向法院起诉来维护自身权益。以下从不同角度为你详细分析：

从协商解决角度

1. 友好沟通：首先尝试与对方进行友好、平和的沟通，明确指出转账的事实以及相关背景情况，询问对方不认可的原因。在沟通中保持冷静和理性，避免情绪化的争吵，看是否能够通过协商达成一致，让对方承认该笔转账并履行相应的义务，比如归还借款、支付货款等。
2. 借助中间人调解：如果双方直接沟通存在困难或者无法取得进展，可以考虑邀请双方都信任的第三人作为中间人进行调解。中间人可以从中斡旋，了解双方的想法和诉求，提出合理的解决方案，促使双方达成和解协议。

从证据收集角度

1. 转账记录：这是最关键的证据之一。要确保保存好完整的转账凭证，包括银行转账的回单、网上银行的转账截图、第三方支付平台（如微信、支付宝）的转账记录等。这些记录应清晰显示转账的时间、金额、收款方信息等关键内容。
2. 沟通记录：收集与对方之间关于该笔转账的所有沟通记录，如短信、微信聊天记录、电子邮件等。这些记录可以证明双方就转账事宜进行过交流，以及对方曾经承认或承诺过相关事项。例如，对方在聊天记录中明确表示会归还借款，或者承认收到了货款等。
3. 证人证言：如果有第三人知晓该笔转账的情况，可以请其作为证人出具证言。证人可以是共同的朋友、业务合作伙伴等，他们的证言可以从侧面证明转账的事实以及双方之间的约定。
4. 其他相关证据：根据具体情况，还可能需要收集其他相关证据，如合同、协议、借条等。如果转账是基于某种合同关系或借贷关系，这些书面文件可以进一步证明双方的权利义务关系。

从法律诉讼角度

1. 确定案由：根据转账的性质和目的，确定合适的案由向法院提起诉讼。常见的案由包括民间借贷纠纷、买卖合同纠纷、不当得利纠纷等。例如，如果是借款给对方，通过第三人转账，案由可确定为民间借贷纠纷；如果是支付货款，对方不认可，可确定为买卖合同纠纷。
2. 起草起诉状：起诉状应包括原告和被告的基本信息、诉讼请求、事实与理由等内容。在事实与理由部分，要详细阐述转账的经过、对方不认可的情况以及自己主张权利的依据。同时，要附上相关证据的清单和复印件。
3. 向法院立案：将起草好的起诉状和相关证据一并提交给有管辖权的法院进行立案。法院会对提交的材料进行审查，如果符合立案条件，会予以受理，并通知双方当事人参加庭审。
4. 参加庭审：在庭审过程中，要按照法院的要求进行举证、质证和辩论。清晰地陈述自己的观点和主张，出示收集到的证据，并对对方的证据和观点进行反驳。庭审结束后，法院会根据双方提供的证据和陈述，依法作出判决。

从预防措施角度

1. 签订书面协议：在进行转账之前，尤其是涉及较大金额或重要交易时，最好与对方签订书面协议，明确转账的目的、金额、还款时间（如果是借款）、违约责任等重要条款。书面协议可以为双方的权利义务提供明确的依据，减少纠纷的发生。
2. 备注转账用途：在转账时，在转账备注中明确注明转账的用途，如“借款”“货款”“投资款”等。这样可以在一定程度上证明转账的性质和目的，为日后可能出现的纠纷提供证据支持。
3. 保留相关凭证：除了转账记录外，要保留好与转账相关的其他凭证，如合同、发票、收据等。这些凭证可以相互印证，形成一个完整的证据链，增强证据的证明力。