关于医疗器械开具3%税率是否合法的问题，这主要取决于医疗器械的具体类型以及销售方的纳税人身份。以下是对此问题的详细分析：

1. 一般纳税人销售医疗器械的税率：

   • 对于一般纳税人而言，销售医疗器械通常适用的增值税税率为13%（根据现行税法规定，一般货物销售的增值税税率为13%，医疗器械一般属于此类）。然而，也存在一些特殊情况，比如某些医疗器械可能享受税收优惠政策，或者属于特定类别而适用不同的税率。但在常规情况下，一般纳税人销售医疗器械不会开具3%的税率发票。

2. 小规模纳税人销售医疗器械的税率：

   • 对于小规模纳税人，其增值税的征收率通常为3%（在特定时期或针对特定业务，如疫情期间，可能有临时性的税收优惠政策调整征收率，但常规情况下为3%）。因此，如果销售医疗器械的主体是小规模纳税人，那么其开具3%税率的发票是合法的。

3. 特殊情况的考虑：

   • 还需要考虑是否存在税收优惠政策或特定地区的税收规定。例如，某些地区或针对某些特定类型的医疗器械可能有减税、免税或低税率的政策。但这种情况需要具体查阅相关的税收法规或政策文件来确定。

4. 法律建议：

   • 如果您是医疗器械的销售方或购买方，且对开具的税率存在疑问，建议首先确认销售方的纳税人身份（一般纳税人还是小规模纳税人）以及所销售的医疗器械是否享受任何税收优惠政策。
   • 如果您认为销售方开具的税率不合法或存在疑问，可以向当地税务机关咨询或举报，以维护自己的合法权益。

总结来说，医疗器械开具3%税率是否合法，主要取决于销售方的纳税人身份以及所销售的医疗器械是否享受税收优惠政策。在常规情况下，一般纳税人销售医疗器械不会开具3%的税率发票，而小规模纳税人则可能开具。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。